R语言 TreeSim包 LTT.plot.gen()函数中文帮助文档(中英文对照)

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LTT.plot.gen(TreeSim)
LTT.plot.gen()所属R语言包：TreeSim

                                        LTT.plot.gen: calculates the number of lineages through time for each input tree, as well as the average number of lineages
                                         LTT.plot.gen：计算谱系数的通过时间为每个输入树，以及平均数谱系

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

LTT.plot.gen calculates the number of lineages through time for each input tree, as well as the average number of lineages. The trees may be simulated using any function in TreeSim, or may be empirical trees. Polytomies and non-ultrametric trees are ok.
LTT.plot.gen计算谱系数的通过时间为每个输入树，以及谱系的平均数目。树可能是模拟使用TreeSim中的任何函数，或可能是经验性树。多分支和非超度量的树木都OK了。


用法----------Usage----------


LTT.plot.gen(trees,bound=10^(-12))



参数----------Arguments----------

参数：trees
List with one or two entries. First component: list of phylogenetic trees; second component: vector with time of origins (can be empty).
列出与一个或两个条目。第一部分：系统发育树列表，第二个组成部分：矢量起源的时间（可以为空）。


参数：bound
Determines the value by which leaf times may differ in an ultrametric tree. If two tips are further apart, they are considered as sequentially sampled tips.
确定值超度量树叶时间可能会有所不同。如果两个秘诀是越离越远，它们被认为是顺序采样的提示。


值----------Value----------


参数：out
out[[1]]: First column are the branching times of ALL input trees. Second column is the number of lineages after the branching time. out[[i]]: Equivalent vector as out [[1]], but for tree i-1.
出[[1]]：第一列中的所有输入树的分支时间。第二列是多少谱系分支后的时间。了[[]]：等价向量为[1]，但树I-1。


（作者）----------Author(s)----------


Tanja Stadler



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

LTT.plot,sim.bd.taxa, sim.bd.age, sim.rateshift.taxa, sim.gsa.taxa, birthdeath.tree
LTT.plot，sim.bd.taxa，sim.bd.age，sim.rateshift.taxa，sim.gsa.taxa，birthdeath.tree


实例----------Examples----------



numbsim<-10
age<-10
lambda<-0.3
mu<-0.2
K<-40

tree<- sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,mrca=TRUE,complete=FALSE,K=K)
ltttrees<-LTT.plot.gen(list(tree))
plot(ltttrees[[1]],type="l")
#alternatively use LTT.plot() for plotting![可以使用LTT.plot（）的图！]

numbsim<-10
age<-10
lambda<-0.3
mu<-0
K<-40

tree<- sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,mrca=FALSE,complete=FALSE,K=K)
ltttrees<-LTT.plot.gen(c(list(tree),list((1:10)*0+age)))
plot(ltttrees[[5]],type="l")
#alternatively use LTT.plot() for plotting![可以使用LTT.plot（）的图！]

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