TreePar-package(TreePar)
TreePar-package()所属R语言包：TreePar
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
(i) For a given species phylogeny on present day data which is calibrated to calendar-time, a method for estimating maximum likelihood speciation and extinction processes is provided. The method allows for non-constant rates. Rates may change (1) as a function of time, i.e. rate shifts at specified times or mass extinction events (implemented as bd.shifts.optim and visualized as bd.shifts.plot) or (2) as a function of the number of species, i.e. density-dependence (implemented as bd.densdep.optim). Note that the method takes into account the whole phylogeny, in particular it accounts for the "pull of the present" effect. Both models can take into account incomplete species sampling, as long as each species has the same probability of being sampled. For a given phylogeny on higher taxa (i.e. all but one species per taxa are mission), but where the number of species is known within each higher taxa, speciation and extinction rates can be estimated under model (1) (implemented as bd.shifts.optim with groups !=0).
（i）对于一个给定的物种亲缘关系至今被校准的数据，以日历时间，估计最大似然形态和灭绝过程的方法。该方法允许对非恒定的速度。的价格可能会发生变化（1）作为时间的函数，即速率在指定的时间或灭绝事件偏移（实现为bd.shifts.optim，并可视化为bd.shifts.plot）或（2）的数目作为一个功能种，即密度依赖（实现为bd.densdep.optim）。请注意，该方法考虑到整个系统发育，尤其是它占了“拉本”的效果。这两种模式可以考虑不完整的物种取样，只要每个物种具有相同的概率被采样。对于一个给定的系统发育较高级分类单元（即，但每一个物种类群任务），但物种的数量在每一个较高的类群，形态和物种灭绝率估计模型（1）下（实施bd.shifts OPTIM组！= 0）。
(ii) For a given phylogeny with sequentially sampled tips, e.g. a virus phylogeny, rates can be estimated under a model where rates vary across time using bdsky.stt.optim (extending bd.shifts.optim). Furthermore rates may vary as a function of host types using bdtypes.stt.lik (multitype branching process extending functions in R package diversitree).
（ii）对于一个给定的系统发育顺序采样的提示，例如：一个病毒的亲缘关系，价格可以下一个模型，其中价格不同时间使用bdsky.stt.optim（扩大bd.shifts.optim）的估计。此外，费率可能会发生变化作为主机类型使用bdtypes.stt.lik（多维分枝扩展函数在R包diversitree）的函数。
Details
详细信息----------Details----------
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
<http://www.tb.ethz.ch/people/tstadler>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
ape TreeSim
apeTreeSim
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注：
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发表于 2012-10-1 11:51:55
