R语言 TRAMPR包 read.abi()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

read.abi(TRAMPR)
read.abi()所属R语言包：TRAMPR

                                        Read ABI Output Files
                                         ABI输出文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read an Applied Biosystems Gene Mapper (ABI) output file, and prepare for analysis.
读应用生物系统公司（ABI）基因的映射输出文件，并准备进行分析。

Note that this operates on the summarised output (a text file), rather than the .fsa files containing data for individual runs.
请注意，此操作概要输出（文本文件），而不是.fsa含有单独运行的数据的文件。


用法----------Usage----------


read.abi(file)



参数----------Arguments----------

参数：file
The name of the file from which the data are to be read.
从该数据是要读取的文件的名称。


Details

详细信息----------Details----------

The ABI file format contains a few features that make it difficult to interact with directly, so read.abi provides a wrapper around read.table to work around these.  The three issues are (1) trailing tab characters, (2) mixed case and punctuation in column names, and (3) parsing the  “Dye/Sample Peak” column.
ABI文件格式包含了一些功能，使人们难以直接互动，，所以read.abi提供了一个包装周围read.table来解决这些。的三个问题是：（1）尾随制表符（Tab），（2）混合大小写和标点符号中的列名，和（3）解析“染料/样品峰”一栏。

Because each line of an ABI file contains a trailing tab character (\t), read.table fails to read the file correctly.  read.abi renames all columns so that non-alphanumeric characters all become periods, and all uppercase letters are converted to lower case.
由于ABI文件的每一行包含一个结尾制表符（\t），read.table无法正确读取该文件。 read.abi重命名的所有列，因此，所有非字母数字字符成为期间，所有大写字母转换为小写。

The column Dye/Sample Peak contains data of the form <Dye>,<Sample Peak>, where <Dye> is a code for the dye colour used and <Sample Peak> is an integer indicating the order of the peaks.  Entries where the contents of Dye/Sample     Peak terminates in a "*" character (indicating an internal size standard) are automatically excluded from the analysis.
列Dye/Sample Peak包含数据的形式<Dye>,<Sample Peak>，其中<Dye>是一个代码使用的染料颜色和<Sample Peak>是一个整数，指示的顺序的高峰。参赛作品的内容Dye/Sample     Peak在"*"字符（表示内部尺寸标准）终止被自动排除在分析之外。

The final column names are:
最后一栏的名字是：

sample.file.name: Name of the file containing data.
sample.file.name：包含数据的文件的名称。

size: Size of the peak (in base pairs).
size：尺寸的峰（碱基对）。

height: Height of the peak (arbitrary units).
height：高的峰值（任意单位）。

dye: Code for dye used.
dye：代码为染料使用。

sample.peak: Rank of peak within current sample.
sample.peak：等级内达到峰值电流采样。

In addition, other column names may be retained from ABI output, but not used.
此外，其他列名可能是保留从ABI输出，但不使用。


注意----------Note----------

There is no reason that data from other types of output files could not be manually imported using TRAMPsamples.  We welcome contributions for other major data formats.
没有任何理由，其他类型的输出文件的数据不能被手动导入使用TRAMPsamples。我们欢迎其他主要的数据格式的贡献。


参见----------See Also----------

load.abi, which attempts to construct a TRAMPsamples object from an ABI file (with a bit of user intervention).
load.abi，尝试构建一个TRAMPsamples对象，从一个的ABI文件（一个位用户干预的）。

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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