R语言 TraMineR包 seqalign()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

seqalign(TraMineR)
seqalign()所属R语言包：TraMineR

                                        Computation details about a pairwise alignment
                                         关于双序列比对的计算细节

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function provides details about a pairwise alignment.
该功能提供了一个双序列比对的详细信息。


用法----------Usage----------


seqalign(seqdata, indices, indel=1, sm, with.missing = FALSE)

## S3 method for class 'seqalign'
plot(x, cpal=NULL, missing.color=NULL,
    ylab=NULL, yaxis=TRUE, xaxis=TRUE, ytlab=NULL, ylas=0,
    xtlab=NULL, cex.plot=1, ...)

## S3 method for class 'seqalign'
print(x, digits=3, ...)



参数----------Arguments----------

参数：seqdata
a state sequence object defined with the seqdef function.  
一个状态序列与seqdef函数定义的对象。


参数：indices
a vector of length 2 giving the indexes of the two sequences  
发出的两个序列的索引的长度为2的向量


参数：indel
indel cost (see seqdist)   
插入缺失成本（seqdist）


参数：sm
matrix of substitution costs or a method for computing the costs (see seqdist)  
基质的替代成本或成本计算的方法（见seqdist）


参数：with.missing
logical: Should the missing state be considered as an element of the alphabet?   
逻辑：如果丢失的状态被视为一个元素的字母？


参数：x
an object of class seqalign
一个对象的类seqalign


参数：cpal
color palette
调色板


参数：missing.color
color for missing elements
颜色缺少的元素


参数：ylab
y label
Ÿ标签


参数：yaxis
yaxis
Y轴


参数：xaxis
xaxis
X轴


参数：ytlab
ytlab
ytlab


参数：ylas
ylas
ylas


参数：xtlab
xtlab
xtlab


参数：cex.plot
plot font size
图字体大小


参数：digits
number of digits for printed output
打印输出的位数


参数：...
additional arguments passed to other functions
额外的参数传递给其他函数


Details

详细信息----------Details----------

There are print and plot methods for seqalign objects.
有seqalign对象的打印和绘图的方法。


值----------Value----------

Object of class seqalign
对象的类seqalign


参见----------See Also----------

seqdist
seqdist


实例----------Examples----------


data(biofam)
biofam.seq <- seqdef(biofam, 10:25)
costs <- seqsubm(biofam.seq, method="TRATE")
sa <- seqalign(biofam.seq, 1:2, indel=1, sm=costs)
print(sa)
plot(sa)
sa <- seqalign(biofam.seq, c(1,5), indel=0.5, sm=costs)
print(sa)
plot(sa)

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