R语言 BioSeqClass包 featureHydro()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

featureHydro(BioSeqClass)
featureHydro()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by hydrophobicity
                                         由疏水性特征编码

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Protein sequences are coded based on their hydrophobicity.
基于其疏水性，编码的蛋白质序列。


用法----------Usage----------


  featureHydro(seq,hydro.method="SARAH1")
  featureACH(seq,hydro.index="hydroE")



参数----------Arguments----------

参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.  
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：hydro.method
a string for the method of coding protein hydrophobic effect.  This must be one of the strings "kpm" or "SARAH1".
一串编码蛋白质的疏水作用的方法。这必须是一个字符串“KPM”或“SARAH1”。


参数：hydro.index
a string for the method of coding protein hydrophobic effect.  This must be one of the strings "hydroE", "hydroF" or "hydroC".
一串编码蛋白质的疏水作用的方法。这必须是字符串“hydroE”，“hydroF”或“hydroC”之一。


Details

详情----------Details----------

featureHydro returns a matrix measuring the hydrophobic effect.  Parameter "hydro.method" supported following coding methods: "kpm": use a numeral to indicating the hydrophobic effect of amino acid. Each  sequence is coded by a N dimension numeric vector. "SARAH1": use a 5 dimension 0-1 vector to indicating the hydrophobic effect of  amino acid. Each sequence is coded by a 5*N dimension 0-1 vector.
featureHydro返回一个矩阵测量的疏水作用。参数“hydro.method”支持下面的编码方法：“KPM”：用一个数字来表明氨基酸的疏水作用。每个序列编码一个N维数字向量。 “SARAH1”：用5维0-1向量表明氨基酸的疏水作用。每个序列编码由5 * N维0-1向量。

featureACH returns a matrix with (N-1)/2 columns. N is the  length of input sequence, andis N must be odd. Central residue of all  windows are the central residue of input sequence. Each column is the average cumulative hydrophobicity over a sliding window.  
featureACH返回一个矩阵（N  -  1）/ 2列。 N是输入序列的长度，andis N必须是奇数。中央残留的所有窗口的输入序列的中央残留。每一列是通过滑动窗口累积平均疏水性。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){
  file = file.path(.path.package("BioSeqClass"), "example", "acetylation_K.pos40.pep")
  seq = as.matrix(read.csv(file,header=F,sep="\t",row.names=1))[,1]
   
  H1 = featureHydro(seq,"kpm")
  H2 = featureHydro(seq,"SARAH1")

  H3 = featureACH(seq,hydro.index="hydroE")
  H3 = featureACH(seq,hydro.index="hydroF")
  H3 = featureACH(seq,hydro.index="hydroC")
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。