R语言 BioNet包 writeHeinzEdges()函数中文帮助文档(中英文对照)

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writeHeinzEdges(BioNet)
writeHeinzEdges()所属R语言包：BioNet

                                         Write edge input file for HEINZ
                                         写边亨氏输入文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to write an input file for HEINZ with edge scores. If no edge scores are used, they are set to 0. In order to run HEINZ, a node input and edge input file are needed.
函数写边缘分数为亨氏输入文件。如果没有边缘的分数时，它们都设置为0。为了运行亨氏，一个节点的输入和边缘的输入文件是必要的。


用法----------Usage----------


writeHeinzEdges(network, file, edge.scores=0, use.score=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：network
Network from which to calculate the maximum scoring subnetwork.  
从计算的最高得分子网网络。


参数：file
File to write to.  
文件写入。


参数：edge.scores
Numeric vector of scores for the edges of the network. Edge scores have to be given in the order of the edges in the network. It is better to append the edge scores as the edge attribute "score" to the network: V(network)\$score and set use.score to TRUE.  
数字矢量网络边缘的分数。边缘的分数都必须为了在网络的边缘。这是更好地追加边缘属性“得分”的网络边缘的分数：第V（网络）\ $得分和一套use.score为TRUE。


参数：use.score
Boolean value, whether to use the edge attribute "score" in the network as edge scores.  
布尔值，是否使用边缘属性“得分”，在网络边缘分数。


作者（S）----------Author(s)----------


Daniela Beisser



参见----------See Also----------

writeHeinzNodes and writeHeinz
writeHeinzNodes和writeHeinz


举例----------Examples----------


library(DLBCL)
# use Lymphoma data and graph to find module[使用淋巴瘤的数据和图找到模块]
data(interactome)
data(dataLym)
# get induced subnetwork for all genes contained on the chip[在芯片上包含的所有基因诱导子网]
chipGraph <- subNetwork(dataLym$label, interactome)
# remove self loops[除去自我循环]
graph <- rmSelfLoops(chipGraph)
## Not run: writeHeinzEdges(network=graph, file="lymphoma_edges_001", use.score=FALSE)[＃运行：writeHeinzEdges（网络图，文件=“lymphoma_edges_001”，use.score = FALSE）]
score <- dataLym$score001
names(score) <- dataLym$label
## Not run: writeHeinzNodes(network=graph, file="lymphoma_nodes_001", node.scores=score)[＃无法运行：writeHeinzNodes（网络图，文件=“lymphoma_nodes_001”，node.scores =得分）]


# write another edge file with edge scores [写另一个边缘与边缘分数文件]
library(igraph)
data(interactome)
interactome <- igraph.from.graphNEL(interactome)
small.net <- subNetwork(V(interactome)[0:15]$name, interactome)
scores <- c(1:length(E(small.net)))
E(small.net)$score <- scores
## Not run: writeHeinzEdges(network=small.net, file="test_edges", use.score=TRUE)[＃无法运行：writeHeinzEdges（网络= small.net，文件=“test_edges”，use.score = TRUE）]

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