R语言 BiocInstaller包 biocLite()函数中文帮助文档(中英文对照)

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biocLite(BiocInstaller)
biocLite()所属R语言包：BiocInstaller

                                         Install or update Bioconductor and CRAN packages
                                         安装或更新Bioconductor和CRAN的软件包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

biocLite installs or updates Bioconductor and CRAN packages, ensuring that packages from the appropriate version of Bioconductor are installed, and that all packages remain up to date.
biocLite安装或更新Bioconductor和CRAN的软件包，以确保，Bioconductor适当版本的安装包，所有软件包保持最新。


用法----------Usage----------


biocLite (pkgs=c("Biobase","IRanges","AnnotationDbi"),  
  suppressUpdates=FALSE,
  suppressAutoUpdate=FALSE,
  ask=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：pkgs
character() of package names to install or update. A value of character(0) and suppressUpdates=FALSE updates packages without installing new ones.
character()包名安装或更新。值为character(0)和suppressUpdates=FALSE无需安装新的更新包。


参数：suppressUpdates
logical(1) indicating whether to suppress automatic updating of all installed packages, or character() of regular expressions specifying which packages to NOT automatically update.
logical(1)指示是否禁止自动更新所有已安装的软件包，或character()正则表达式指定的包不会自动更新。


参数：suppressAutoUpdate
logical(1) indicating whether the BiocInstaller package updates itself.
logical(1)表明是否BiocInstaller包更新。


参数：ask
logical(1) indicating whether to prompt user before installed packages are updated, or the character string 'graphics', which brings up a widget for choosing which packages to update. If TRUE, user can choose whether to update all outdated packages without further prompting, to pick and choose packages to update, or to cancel updating (in a non-interactive session, no packages will be updated). Otherwise, the value is passed to update.packages.  
logical(1)表示是否提示用户之前安装的软件包更新，或字符串图形，这带来了一个部件，选择更新的包。如果是TRUE，用户可以选择是否要更新所有过时的包，没有进一步的提示，挑选包更新，或取消更新（在非交互式会话将被更新，没有包）。否则，该值被传递到update.packages。


参数：...
Additional arguments passed to install.packages.
额外的参数传递到install.packages。


Details

详情----------Details----------

The biocLite() function is generally used after sourcing the file biocLite.R. This will install the BiocInstaller package if it is not already installed. See example section for more information.
一般用于采购文件biocLite()后biocLite.R函数。如果尚未安装，这将安装BiocInstaller包。更多信息请参见示例部分。


值----------Value----------

biocLite() returns the pkgs argument, invisibly.
biocLite()返回pkgs参数，无形之中。


参见----------See Also----------

biocinstallRepos returns the Bioconductor and CRAN repositories used by biocLite.
biocinstallRepos返回的的Bioconductor和CRAN的biocLite使用库。

install.packages installs the packages themselves.
install.packages安装包本身。

update.packages updates all installed packages.
update.packages更新所有已安装的软件包。

chooseBioCmirror lets you choose from a list of all public Bioconductor mirror URLs.
chooseBioCmirror让你选择从所有公共Bioconductor镜网址列表。

chooseCRANmirror lets you choose from a list of all public CRAN mirror URLs.
chooseCRANmirror让你选择从CRAN的所有公共镜网址列表。

monograph_group, RBioinf_group and biocases_group return package names associated  with Bioconductor publications.
monograph_group，RBioinf_group和biocases_group返回Bioconductor出版物相关的包名。

all_group returns the names of all Bioconductor software packages.
all_group返回所有Bioconductor软件包的名称。


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
## Change default Bioconductor and CRAN mirrors[＃更改默认Bioconductor和CRAN的镜子]
chooseBioCmirror()
chooseCRANmirror()


## If you don't have the BiocInstaller package installed, you can [＃如果你不具有安装的BiocInstaller包，你可以]
## quickly install and load it as follows:[＃快速安装并加载如下：]
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")


## The most recent version of the BiocInstaller package is now loaded.[＃的BiocInstaller包的最新版本正在加载。]
## No need to load it with library().[＃不需要加载库（）。]
biocLite() # installs default packages[安装默认的软件包]


## Now install a CRAN package:[＃现在安装CRAN的软件包：]
biocLite("survival")

## install a Bioconductor package, but don't update all installed[＃安装Bioconductor包，但不更新所有已安装的]
## packages as well:[＃包，以及：]
biocLite("GenomicRanges", suppressUpdates=TRUE)

## Install default packages, but do not update any package whose name[＃安装默认的包，但不更新任何包的名字]
## starts with "org." or "BSgenome."[＃启动“。”或“BSgenome”]
biocLite(suppressUpdates=c("^org\.", "^BSgenome\."))

## install a package from source:[＃从源代码安装包：]
biocLite("IRanges", type="source")

## don't install any packages, but update installed packages[＃不安装任何软件包，但更新已安装的软件包]
biocLite(character(0), ask=FALSE)

## install all Bioconductor software packages[＃安装所有Bioconductor软件包]
biocLite(all_group())


## End(Not run)[＃结束（不运行）]
## Show the Bioconductor and CRAN repositories that will be used to[＃显示Bioconductor和CRAN上，将用于库]
## install/update packages.[＃安装/更新软件包。]
biocinstallRepos()

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。