R语言 Biobase包 esApply()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

esApply(Biobase)
esApply()所属R语言包：Biobase

                                         An apply-like function for ExpressionSet and related structures.
                                         一个为ExpressionSet及相关结构的应用喜欢功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

esApply is a wrapper to apply for use with ExpressionSets. The application of a function to rows of an expression array usually involves variables in pData. esApply uses a special evaluation paradigm to make this easy. The function FUN may reference any data in pData by name.
esApply是apply为ExpressionSet的使用的包装。函数的应用程序来表达阵列的行通常涉及pData的变量。 esApply使用一个特殊的评价模式，使这个容易。函数FUNpData的名字可以引用任何数据。


用法----------Usage----------


esApply(X, MARGIN, FUN, ...)



参数----------Arguments----------

参数：X
An instance of class ExpressionSet.
实例类ExpressionSet。


参数：MARGIN
The margin to apply to, either 1 for rows (samples) or 2 for columns (features).
申请，保证金的1（样品）的行或列（功能）2。


参数：FUN
Any function  
任何功能


参数：...
Additional parameters for FUN.
的FUN额外的参数。


Details

详情----------Details----------

The pData from X is installed in an environment. This environment is installed as the environment of FUN. This will then provide bindings for any symbols in FUN that are the same as the names of the pData of X. If FUN has an environment already it is retained but placed after the newly created environment. Some variable shadowing could occur under these circumstances.
从pData X安装的环境中。这种环境下安装作为FUN环境。这将提供任何符号绑定FUN是作为pDataX的名称相同。如果FUN有一个已经被保留，但放置后，新创建的环境环境。在这种情况下，一些变量的阴影可能发生。


值----------Value----------

The result of with(pData(x), apply(exprs(X), MARGIN, FUN, ...)).
with(pData(x), apply(exprs(X), MARGIN, FUN, ...))的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


V.J. Carey <stvjc@channing.harvard.edu>, R. Gentleman



参见----------See Also----------

apply, ExpressionSet
apply，ExpressionSet


举例----------Examples----------


data(sample.ExpressionSet)
## sum columns of exprs[＃总和列exprs]
res <- esApply(sample.ExpressionSet, 1, sum)

## t-test, spliting samples by 'sex'[＃t-检验，由性的样本劈裂]
f <- function(x) {
    xx <- split(x, sex)
    t.test(xx[[1]], xx[[2]])$p.value
}
res <- esApply(sample.ExpressionSet, 1, f)

## same, but using a variable passed in the function call[＃相同，但使用变量在函数调用中传递]

f <- function(x, s) {
    xx <- split(x, s)
    mean(xx[[1]]) - mean(xx[[2]])
}
sex <- sample.ExpressionSet[["sex"]]
res <- esApply(sample.ExpressionSet, 1, f, s = sex)

# obtain the p-value of the t-test for sex difference[获得性别差异的t检验的p值]
mytt.demo <- function(y) {
ys <- split(y, sex)
t.test(ys[[1]], ys[[2]])$p.value
}
sexPValue <- esApply(sample.ExpressionSet, 1, mytt.demo)

# obtain the p-value of the slope associated with score, adjusting for sex[获得p值与得分相关的斜坡，性别调整]
# (if we were concerned with sign we could save the z statistic instead at coef[3,3][（如果我们关注与标志，我们可以保存在系数的z统计，而不是[3,3]]
myreg.demo <- function(y) {
   summary(lm(y ~ sex + score))$coef[3,4]
}
scorePValue <- esApply(sample.ExpressionSet, 1, myreg.demo)

# a resampling method[重新取样方法]
resamp <- function(ESET) {
ntiss <- ncol(exprs(ESET))
newind <- sample(1:ntiss, size = ntiss, replace = TRUE)
ESET[newind,]
}

# a filter[一个过滤器]
q3g100filt <- function(eset) {
apply(exprs(eset), 1, function(x) quantile(x,.75) > 100)
}

# filter after resampling and then apply[过滤后重新取样，然后应用]
set.seed(123)
rest <- esApply({bool <- q3g100filt(resamp(sample.ExpressionSet)); sample.ExpressionSet[bool,]},
                1, mytt.demo)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。