FLOC(BicARE)
FLOC()所属R语言包：BicARE
Performs the FLOC algorithm
执行絮状算法
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Find a given number of biclusters using the a modified
查找给定数量的修改biclusters
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：Data
an ExpressionSet or a matrix (with genes on rows and conditions on columns)
ExpressionSet或矩阵（与基因对行和列的条件）
参数：k
the number of biclusters searched
，数量biclusters搜查
参数：pGene
genes initial probability of membership to the biclusters
基因的初始概率成员的biclusters
参数：pSample
samples initial probability of membership to the biclusters
初始概率样本成员的biclusters
参数：r
the residue threshold
残留的阈值
参数：N
minimal number of gene per bicluster
数量最少每个bicluster的基因
参数：M
minimal number of conditions per bicluster
数量最少每个bicluster的条件
参数：t
number of iterations
迭代次数
参数：blocGene
a matrix indicating the directed initialisation for the genes (see details)
矩阵表示为基因的定向初始化（见详情）
参数：blocSample
a matrix indicating the directed initialisation for the conditions (see details)
矩阵表示条件的初始化（见详情）
Details
详情----------Details----------
This biclustering algorithm is based on the FLOC algorithm (FLexible Overlapped biClustering) defined by Yang et al. (see references). It can discover a set of k, possibly overlapping, biclusters. If r is set to NULL, the residue threshold used in the analysis is the residue of Data divided by 10.
这双聚类算法的基础上由杨等人定义的絮状算法（灵活的重叠双分群）。 （参见参考资料）。它可以发现一个k集，可能重叠，biclusters。如果r设置为NULL，残留分析中使用的阈值是残留Data10分。
blocGene and blocSample are matrix of 0 and 1 with the rows representing the features (gene or samples) and the columns the biclusters. A 1 on line i and column j indicates that the feature i (gene or sample) will be include in the bicluster j during the initialisation step and will not be removed from it during the analysis. If the number of columns in these matrices is different from the number of bicluster searched, k is set to the maximal value of these two.
blocGene和blocSample是代表行的功能（基因或样本）和列的biclusters 0和1的矩阵。一个1行i和j列表示该功能（基因或样本）将包括在bicluster j在初始化步骤，并在分析过程中不会从它删除。如果在这些矩阵的列数不同从数量bicluster的搜查，k设置这两个最大的价值。
See bicluster to extract a bicluster from the biclustering result.
看到bicluster从双分群结果中提取1 bicluster。
值----------Value----------
Returns an object of class 'biclustering', a list containing at least :
返回一个对象类的双分群，列表至少包含：
参数：Call
the matched call.
匹配的呼叫。
参数：ExpressionSet
the data used
使用的数据
参数：param
a data.frame with the algorithm parameters
与算法参数的数据框
参数：bicRow
a matrix of boolean indicating the belonging of the genes to the biclusters
一个布尔矩阵，表明该基因属于该biclusters
参数：bicCol
the same as for bicRow but for the conditions
作为条件bicRow但相同
参数：mat.resvol.bic
a matrix describing the biclusters
描述biclusters矩阵的
作者（S）----------Author(s)----------
Pierre Gestraud (<a href="mailto:pierre.gestraud@curie.fr">pierre.gestraud@curie.fr</a>)
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-25 13:15:40
