R语言 BGmix包 TailPP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TailPP(BGmix)
TailPP()所属R语言包：BGmix

                                         Tail posterior probability for BGmix output.
                                         尾部的后验概率BGmix输出。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For differential expression models with unstructured priors (no mixture prior), calculates tail posterior probabality and FDR, and plots a histogram. Uses whole posterior distributions of likelihood parameters (found by 'ccTrace') and posterior means of hyperparameters (found by 'ccParams').
对于与非结构化先验（事先没有混合物）的差异表达模型，计算后的尾巴probabality和FDR，并绘制直方图。使用整个的可能性参数后验分布（发现“ccTrace）和后hyperparameters手段（发现”ccParams）。


用法----------Usage----------


TailPP(res, nreps, params, paired=F, alpha=0.05, N = 5000, prec=0.05, p.cut = 0.7, plots  = T, plot.pi0=F)



参数----------Arguments----------

参数：res
list object output from 'ccTrace'
列出对象的输出从ccTrace“


参数：nreps
vector length 2 containing the number of replicates in each condition
向量长度为2包含在每个条件复制


参数：params
list object output from 'ccParams'
列表对象输出从ccParams


参数：paired
logical. TRUE for paired design, FALSE for unpaired.
逻辑。配对设计，FALSE为未成。


参数：alpha
parameter of the tail posterior probability (1-alpha/2 quantile)
参数尾部的后验概率（1-α/ 2位数）


参数：N
simulation size for tail posterior probability under H0
尾下H 0的后验概率的模拟大小


参数：prec
parameter used when estimating CDF of tail posterior probability under H0  
民防部队的尾巴后验概率估计下H 0时，使用参数


参数：p.cut
calculate FDR only for cutoffs on tail posterior probability > p.cut  
只计算为截断尾部的后验概率> p.cutFDR


参数：plots
logical. if TRUE, makes plots of the histogram of tail posterior probability with the null density  and of FDR  
逻辑。如果为TRUE，使尾部的后验概率直方图与空的密度和FDR的图


参数：plot.pi0
logical. if TRUE, diagnostic plot of the estimated pi0 at different locations and the median estimate  
逻辑。如果诊断为TRUE，图估计PI0在不同的地点和中位数的估计


值----------Value----------


参数：tpp
vector of tail posterior probabilities with parameter alpha, one per gene
尾后概率参数α，每个基因的向量


参数：FDR
(smoothed) estimate of FDR for all (distinct) cutoffs > p.cut
（平滑）（不同）截止> p.cut估计FDR


参数：pi0
estimated proportion of observations under the null
估计下空观测的比例


参数：pp0
simulations under the null
空下的模拟


作者（S）----------Author(s)----------


Natalia Bochkina



参考文献----------References----------

Tail posterior probability for inference in pairwise and multiclass gene expression data. Biometrics.

参见----------See Also----------

FDRplotTailPP,histTailPP,EstimatePi0
FDRplotTailPP，histTailPP，EstimatePi0


举例----------Examples----------



data(ybar, ss)
nreps <- c(8,8)

## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
outdir <- BGmix(ybar, ss, nreps, jstar=-1, nburn=0, niter=100, nthin=1)

params <- ccParams(outdir)  
res <-  ccTrace(outdir)
  
tpp.res <- TailPP(res, nreps, params, plots  = FALSE)
histTailPP(tpp.res)
FDRplotTailPP(tpp.res, plot.TP = TRUE)


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