R语言 BGmix包 ccTrace()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ccTrace(BGmix)
ccTrace()所属R语言包：BGmix

                                        Read trace files from BGmix
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                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads output files containing whole posterior distributions from BGmix. Also calls 'ccSummary', and outputs model options.
读取输出文件包含从BGmix的整个后验分布。还呼吁“ccSummary”，和输出模式选项。


用法----------Usage----------


ccTrace(filedir, q.beta = T, q.sig = T, q.z = T, quiet = T)



参数----------Arguments----------

参数：filedir
character. The name of the output directory created by BGmix.
字符。由BGmix创建输出目录的名称。


参数：q.beta
logical. Read beta values?
逻辑。阅读β值吗？


参数：q.sig
logical. Read gene variances?
逻辑。阅读基因的差异呢？


参数：q.z
logical. Read z values?
逻辑。阅读z值吗？


参数：quiet
logical. Parameter passed to 'scan'. (If false, 'scan' prints details of number of items read in.)
逻辑。参数传递到“扫描”。 （如果为false，扫描打印项目细节的数量读入）


值----------Value----------


参数：summ
list object output by 'ccSummary'
列表对象输出“ccSummary”


参数：eta
matrix (no. components -1) x no. MCMC samples. Posterior of mixture component parameters (eta).
矩阵（第组件-1）×。基于MCMC样本。后验混合元件的参数（ETA）。


参数：lambda
matrix (no. components -1) x no. MCMC samples. Posterior of mixture component parameters (lambda).
矩阵（第组件-1）×。基于MCMC样本。后验混合元件的参数（λ）。


参数：aa
matrix no. MCMC samples x no. variances. Posterior of variance hyperparameters (a).
矩阵没有。的MCMC样本x没有。差异。后的的方差hyperparameters（一）。


参数：bb
matrix no. MCMC samples x no. variances. Posterior of variance hyperparameters (b).
矩阵没有。的MCMC样本x没有。差异。后的的方差hyperparameters（二）。


参数：wtc
matrix no. MCMC samples x no. mixture components. Posterior of mixture weights.
矩阵没有。的MCMC样本x没有。混合组件。后验混合物的重量。


参数：beta
matrix no. effects x no. genes x no. MCMC samples. Posterior of gene effects.
矩阵没有。影响X不。基因X不。基于MCMC样本。后路的基因效应。


参数：sig2
matrix no. variances x no. genes x no. MCMC samples. Posterior of gene variances.
矩阵没有。方差X不。基因X不。基于MCMC样本。后路的基因变异。


参数：zg
matrix no. MCMC samples x no. genes. Posterior of gene allocations.
矩阵没有。的MCMC样本x没有。基因。后验基因拨款。


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Lewin



举例----------Examples----------


## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
data(ybar,ss)
outdir <- BGmix(ybar, ss, c(8,8), nburn=0, niter=100, nthin=1)
tr <- ccTrace(outdir)

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