R语言 bgafun包 convert_aln_AAP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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convert_aln_AAP(bgafun)
convert_aln_AAP()所属R语言包：bgafun

                                         Converts alignment into a matrix using the amino acid property encoding
                                         转换成使用氨基酸财产编码矩阵的对齐

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Each residue in the alignment is represented by a vector of five continuous variables as given by Atchley et al  They applied a multivariate statistic approach to reduce the information in 494 amino acid attributes into a set of five factors for each amino acid.  Factor A is termed the polarity index. It correlates well with a large variety of descriptors including the number of hydrogen bond donors, polarity versus nonpolarity, and hydrophobicity versus hydrophilicity.  Factor B is a secondary structure index. It represents the propensity of an amino acid to be in a particular type of secondary structure, such as a coil, turn or bend versus the frequency of it in an a-helix.  Factor C is correlated with molecular size, volume and molecular weight.  Factor D reflects the number of codons coding for an amino acid and amino acid composition. These attributes are related to various physical properties including refractivity and heat capacity.  Factor E is related to the electrostatic charge.  Gaps are represented by five zeros and should be either removed or replaced by the average of the column for a particular group.
每个残留在对齐是由他们采用多元统计方法，以减少到一组五个因素的信息，在494氨基酸属性，为每个氨基酸的Atchley等5个连续变量的向量表示。因子A被称为极性指数。它的相关性以及种类繁多，包括氢键捐助者的数量，极性与非极性，疏水性与亲水性的描述。 B因子是一个二级结构指数。它代表一种氨基酸的倾向，是在特定类型的二级结构，如线圈，与它的频率在α-螺旋的转动或弯曲。因子C与分子大小，体积和分子量。因子D反映了密码子编码的氨基酸和氨基酸组成的数量。这些属性相关的各种物理性质，化学性质，包括折射率和热容量。相关因子E的静电荷。代表五个零差距，应删除或替换一个特殊的群体的平均列。


用法----------Usage----------


convert_aln_AAP(Alignment)



参数----------Arguments----------

参数：Alignment
Alignment object read in using read.alignment function in seqinr  
读在使用在seqinr read.alignment功能对齐对象


参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


library(bgafun)
data(LDH)
data(LDH.groups)
LDH.aap=convert_aln_AAP(LDH)
dim(LDH.aap)
LDH.aap.ave=average_cols_aap(LDH.aap,LDH.groups)
dim(LDH.aap.ave)

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