R语言 beadarray包 transformFunctions()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

transformFunctions(beadarray)
transformFunctions()所属R语言包：beadarray

                                         Functions for transforming the data store in a beadLevelData object for easier visualisation or summarisation.
                                         转化更容易可视或summarisation的，在beadLevelData对象的数据存储的功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions for transforming the data store in a beadLevelData object for easier visualisation or summarisation.
功能转化beadLevelData对象的数据存储，方便的可视化或summarisation。


用法----------Usage----------


logGreenChannelTransform(BLData, array)
logRedChannelTransform(BLData, array)
logRatioTransform(BLData, array)



参数----------Arguments----------

参数：BLData
beadLevelData object  
beadLevelData对象


参数：array
numeric specifying the section to be transformed  
数字指定要转化的部分


Details

详情----------Details----------

beadarray aims to support the whole range of data that can be generated by the Illumina BeadArray technology and allows users to build upon the functionality in the package to make pipeline to automtically process their own data and develop new methodologies. Therefore we have made the quality assessment and summarisation tools general enough to take any kind of values that can be derived from the beadLevelData object. This is achieved by the definition of transformation functions that can be used throughout the package whenever a function is operating on data on a per-section basis.
beadarray旨在支持整个范围内可以由Illumina公司BeadArray技术产生的数据，并允许用户建立在包的功能后，作出的管道，以automtically处理自己的数据，并开发新的方法。因此，我们已作出足够一般质量评估和summarisation工具，采取任何一种价值观，可以派生从beadLevelData对象。这是通过改造整个每当一个函数在每节的基础上的数据包，可以使用函数的定义。

The default transformation is to take the data from the Green channel (column Grn in the beadLevelData object) and perform a log2 transformation and is the default to functions such as boxplot or imageplot.
默认转换是从绿色通道（列GRN在beadLevelData对象）的数据和执行的log2改造和功能，如boxplot或imageplot默认。

Users with two channel data (e.g. data from methylation and SNP assays) can use the logRedChannelTransform function which instead extracts the red channel on the log2 scale or logRatioTransform.
两个通道的数据（如甲基化和SNP分析数据），用户可以使用logRedChannelTransform功能，而不是提取的红色通道上的log2规模或logRatioTransform。


值----------Value----------

Transformation functions return a numeric vector with the same length as the number of beads for the particular section.
转换函数返回一个数值向量相同长度的特定部分的珠数。


作者（S）----------Author(s)----------



Mark Dunning




举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleBLData)

head(exampleBLData[[1]])

log2(getBeadData(exampleBLData, array=1,what="Grn")[1:10])

logGreenChannelTransform(exampleBLData, array=1)[1:10]

}



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。