R语言 beadarray包 plotMAXY()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotMAXY(beadarray)
plotMAXY()所属R语言包：beadarray

                                        Scatter plots and MA-plots for all specified arrays
                                         所有指定的阵列的散点图和主图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produces smoothed scatter plots of M versus A and X versus Y for all pairwise comparisons from a set of arrays.
生产的M与A和X对Ÿ从一组阵列的所有成对比较平滑散点图。


用法----------Usage----------


plotMAXY(exprs, arrays, log = TRUE, genesToLabel=NULL,
         labels=colnames(exprs)[arrays],labelCol="red",
         labelpch=16,foldLine=2,sampleSize=NULL,...)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
a matrix of expression values
一个表达式的值的矩阵


参数：arrays
integer vector giving the indices of the arrays  (columns of exprs) to plot
阵列指数整数向量图（exprs列）


参数：log
if TRUE then all values will be log2-transformed before plotting
如果为TRUE然后将所有值的log2转化之前绘制


参数：genesToLabel
vector of genes to highlight on the plot.   These must match the rownames of exprs.
基因向量，突出图。这些都必须匹配exprsrownames。


参数：labels
vector of array names to display on the plot
数组名的向量上显示的图


参数：labelCol
plotting colours for highlighted genes
强调基因绘图颜色


参数：labelpch
plotting characters for highlighted genes
为突出基因绘制的字符


参数：foldLine
a numeric value defining where to draw horizontal fold change lines on the plot
数值定义在哪里绘制水平图倍线


参数：sampleSize
The number of genes to plot.  Default is NULL, which plots every gene
要绘制的基因数目。默认值为null，该图每一个基因


参数：...
other graphical parameters to be passed
要通过其他的图形参数


Details

详情----------Details----------

This graphical tool shows differences that exist between two arrays and can be used to highlight biases between arrays as well as highlighting genes which are differentially expressed.  For each bead type, we calculate the average (log2) intensity and difference in intensity (log2-ratio) for each pair of arrays.
这个图形工具显示了两个阵列，可以用来突出阵列，以及突出这些差异表达的基因之间的偏差之间存在的分歧。对于每个珠类型，我们计算对每个阵列（log2）的平均强度和强度差（比的log2）。

In the lower-left section of the plot we see XY plots of the intensities for all pairwise comparisons between the arrays and in the upper right we have pairwise MA plots. Going down the first column we observe XY plots of array 1 against array 2 and array 1 against array 3 etc. Similarly, in the upper-right corner we can observe pairwise MA plots.
在左下部分的图中，我们看到在右上角的阵列和我们有成对主图之间的所有成对比较XY坐标图的强度。第一列走下去，我们观察到的XY图1阵列对阵列和阵列1 3等对数组同样，在右上角，我们可以观察到成对主图。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Dunning



举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleSummaryData)

plotMAXY(exprs(channel(exampleSummaryData, "G")), arrays=1:3, log=FALSE)

}


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