R语言 beadarray包 makeQCTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeQCTable(beadarray)
makeQCTable()所属R语言包：beadarray

                                         Tabulate QC scores
                                         制表质检分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to make a table of quality control scores for every section in a beadLevelData object. Either the annotation of the data needs to be specified, or a control profile data frame that lists ArrayAddress IDs and control types. The supplied summary functions are applied to each control type on each section.
beadLevelData对象的每一个部分的功能，使质量控制分数表。无论是数据的注释需要指定或控制的文件列出了ArrayAddress ID和控制类型的数据框。适用于每个控件类型，每节提供的汇总函数。


用法----------Usage----------


makeQCTable(BLData, transFun = logGreenChannelTransform, controlProfile = NULL, summaryFns = list(Mean = function(x) mean(x, na.rm=TRUE), Sd = function(x) sd(x, na.rm=TRUE)), channelSuffix = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：BLData
a beadLevelData object  
beadLevelData对象


参数：transFun
a function to be applied to the beadLevelData object prior to tabulation  
一个函数应用于beadLevelData对象之前制表


参数：controlProfile
an optional data frame that specifies ID and type of controls to be used to generate the table  
一个可选的数据框，指定控件的ID和类型被用来生成表


参数：summaryFns
list of functions to apply to each control type on every section  
适用于每节的每个控件类型的功能列表


参数：channelSuffix
optional character string to append to the column names of the resulting table  
可选的字符串追加到结果表中的列名


Details

详情----------Details----------

For each section in turn, the function groups together IDs of the same control type (e.g. housekeeping), and uses an lapply with the specified summary functions. A transformation function is applied to BLData prior to the summary, with the default being to take the log2 of the green channel.
反过来对于每个部分的功能组合在一起同一控制类型（如家务）的ID，并使用指定的汇总函数lapply。 A转换功能，适用于BLData总结前，采取默认的log2绿色通道。

If the annotation of the beadLevelData has been set by readIllumina or setAnnotation then the controlProfile data frame is calculated automatically and the controlProfile argument may be omitted.
如果注释beadLevelData已设立readIllumina或setAnnotation然后“controlProfile数据框的自动计算和controlProfile参数可以省略。


值----------Value----------

A matrix with one row per section and one column for each combination of control type and summary function.
与一列每节和每个控制类型和汇总功能相结合的一列的矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------



Mark Dunning




举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleBLData)


qct = makeQCTable(exampleBLData)

qct

}


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