R语言 beadarray包 illuminaChannel-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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illuminaChannel-class(beadarray)
illuminaChannel-class()所属R语言包：beadarray

                                        Class "illuminaChannel"
                                         类“illuminaChannel”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A class to define how illumina bead-level data are summarized
A类，以确定如何Illumina的珠级别数据汇总


Details

详情----------Details----------

From beadarray version 2.0 onwards, users are allowed more flexibility in how to create summarized data from bead-level data. The illuminaChannel is a means of allowing this flexibility by definining how summarization will be performed on each array section in the bead-level data object. The three keys steps applied to each section are; 1) use a transform function to get the quantities to be summarized (one value per bead). The most common use-case would be to extract the Green channel intensities and possibly perform a log2 transformation. 2) remove any outliers from this list of values 3) split the values according to ArrayAddressIDs and apply the definied exprFun and varFun to the quantities belonging to each ArrayAddress.
从beadarray版本2.0起，允许用户更灵活地在如何创建从珠层次的数据汇总的数据的。 “illuminaChannel是允许的划总结如何将每个阵列节在珠级别的数据对象，这种灵活性的一种手段。的三把钥匙适用于每节的步骤是：1）使用转换函数来获得概括的数量（每一个珠值）。最常见的使用情况，将提取的绿色通道强度和可能执行的log2改造。 2）删除任何离群从这个列表值3）分裂值根据ArrayAddressIDs，申请的definiedexprFun和varFun属于每个ArrayAddress数量。


角子机/列表组件----------Slots/List Components----------

Objects of this class contain the following slots
这个类的对象包含以下插槽

function to transform the data from each array-section.
功能转换数据从每个阵列节。

A function for identifying outliers from a list of bead intensiites and associated ArrayAddressIDs .
从珠intensiites和相关ArrayAddressIDs的名单确定离群的函数。

A function for producing a single summary of expression level from a vector of bead-type intensities. e.g. mean .
一个生产从珠型的强度矢量的表达水平的单个汇总的功能。例如的意思。

A function for producing a single summary of variability from a vector of bead-type intensities. e.g. sd
用于生产从单一的变异摘要珠型强度矢量的功能。例如SD


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Dunning



参见----------See Also----------

summarize
summarize


举例----------Examples----------



greenChannel

redChannel = new("illuminaChannel", redChannelTransform, illuminaOutlierMethod, mean, sd, "R")

logRatio = new("illuminaChannel", logRatioTransform, illuminaOutlierMethod, mean, sd, "M")


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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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