createTargetsFile(beadarray)
createTargetsFile()所属R语言包：beadarray
A function to generate a targets file given a directory of Illumina bead-level files
函数生成一个目标文件中给出了Illumina的珠级文件目录
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function, when pointed to a directory containing Illumina bead-level files (e.g. txt, idat, locs, tif) will return a simple targets file of the sort expected by beadarray. Note that a user created targets file is likely to be of greater value.
此功能时指出，含珠Illumina的文件（如TXT，IDAT，LOCS，TIF）目录将返回一个简单预期由beadarray排序目标文件。请注意，一个用户创建的目标文件很可能是更大的价值。
用法----------Usage----------
createTargetsFile(dir = NULL, nochannels = 1, channel1 = "Grn", channel2 = "Red", txtsuff = "txt", imgsuff = "tif", locssuff = "locs", xmlsuff = "xml", verbose = FALSE, special = c("sdf", "fiducial"), ColourConfusionStop = T, metricsflag = "Metrics", metsep = "\t", metricsection = "Section", metricchip = "Matrix")
参数----------Arguments----------
参数：dir
dir: The directory containing the Illumina bead-level files. By default, will search the working directory.
dir：含有Illumina的珠级文件目录。默认情况下，将搜索工作目录。
参数：nochannels
nochannels: Does the directory contain 1 or 2 channel arrays? Setting this argument to be null will result in the function making its best guess.
nochannels：目录是否包含1或2通道阵列？设置此参数为空，将导致功能作出最好的猜测。
参数：channel1
channel1: The string indicating that files are associated with the first channel (usually Grn).
channel1：字符串表示，相关文件与第一通道（通常GRN）。
参数：channel2
channel2: The string indicating that files are associated with the second channel (usually Red).
channel2：表示第二通道（通常红色）相关文件的字符串。
参数：txtsuff
txtsuff: The suffix of files containing the bead-level intensities (usually txt, but occasionally csv).
txtsuff：含珠级强度的文件后缀（通常为TXT，但偶尔CSV）。
参数：imgsuff
imgsuff: The suffix of files containing the images.
imgsuff：包含图像的文件后缀。
参数：locssuff
locssuff: The suffix of files containing the precise bead locations (usually locs).
locssuff：包含的确切位置（通常是LOCS）珠文件的后缀。
参数：xmlsuff
xmlsuff: The suffix of files containing the meta-data (usually xml).
xmlsuff：包含元数据（通常是XML）的文件后缀。
参数：verbose
verbose: Determines whether or not the function reports on its progress as it goes along.
verbose：确定是否功能报告其进展，因为它伴随。
参数：special
special: Files with names containing special words (such as fiducial) are ignored.
special：含有特殊字词的名称（如基准）的文件将被忽略。
参数：ColourConfusionStop
ColourConfusionStop: This determines the behaviour of the function if there is a discrepancy between the number of channels specified, and the number apparently present.
ColourConfusionStop：这决定了功能的行为，如果有一个指定的通道数之间的差异，而且这个数字显然目前。
参数：metricsflag
codemetricsflag: This gives the key word that can be used to identify metrics files.
codemetricsflag：这给出了关键的字，可用于识别指标文件。
参数：metsep
metsep: This gives the cell separator used in the metrics file.
metsep：这给人的指标文件中使用的单元分离机。
参数：metricsection
metricsection: This gives the column heading used in the metrics file to indicate array section names.
metricsection：这使列的指标文件中的标题用来表示数组的节名。
参数：metricchip
metricchip: This gives the column heading used in the metrics file to indicate the chip name.
metricchip：这使列标题中的指标文件用来指示芯片的名称。
Details
详情----------Details----------
This function bases its resultant targets file on the files with suffix txtsuff.
此功能根据与后缀txtsuff的文件，其产生的目标文件。
值----------Value----------
This returns a dataframe containing
这将返回一个dataframe包含
作者（S）----------Author(s)----------
Andy Lynch
参见----------See Also----------
readIlluminaData()
readIlluminaData（）
举例----------Examples----------
#createTargetsFile(verbose=T)[createTargetsFile（详细= T）]
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 12:40:54
