beadLevelData-class(beadarray)
beadLevelData-class()所属R语言包:beadarray
Class "beadLevelData"
类“beadLevelData”
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A class for storing red and green channel foreground and background intensities from an Illumina experiment.
A类用于存储从Illumina的实验红色和绿色通道的前景和背景强度。
类的对象----------Objects from the Class----------
Objects can be created by calls of the form new("beadLevelData"), but are usually created by readIllumina.
可以通过检测的形式new("beadLevelData")创建对象,但通常是由readIllumina创建。
角子机/列表组件----------Slots/List Components----------
Objects of this class contain the following slots
这个类的对象包含以下插槽
A list of arrays, indexed by array name. Each item in this list is itself a list, containing enviroments holding the data for that array.
一个数组列表,数组名索引。在此列表中的每个项目本身就是一个列表,包含的环境里,持有该阵列的数据。
a list containing information. Each item in the list is a data frame containing one row for each section
列表中包含的信息。列表中的每个项目是一个数据框,每个部分包含一行
a list containing the annotation of the platform, link to the sdf file and type of data (slide or Sentrix Array Matrix)
列表中包含的平台,链接注释SDF文件和数据类型(幻灯片或Sentrix阵列矩阵)
方法----------Methods----------
show(beadLevelData) Printing method for BeadLevelList
秀(beadLevelData)BeadLevelList的打印方法
sectionNames(object,arrays=NULL) Returns the strip/array names from a
sectionNames(object,arrays=NULL)返回从一个带/数组名
numBeads(object,arrays=NULL) Returns the number of beads on selected arrays
numBeads(object,arrays=NULL)返回选定arrays珠
从类访问数据----------Accessing data from the class----------
getBeadData retrieve data
getBeadData检索数据
insertBeadData Input or modify existing data
insertBeadData输入或修改现有的数据
作者(S)----------Author(s)----------
Mark Dunning, Mike Smith
参见----------See Also----------
readIllumina
readIllumina
举例----------Examples----------
if(require(beadarrayExampleData)){
data(exampleBLData)
sectionNames(exampleBLData)
head(exampleBLData[[1]])
getBeadData(exampleBLData, array=1, what="Grn")[1:10]
}
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