removeLowQualitySamples(beadarraySNP)
removeLowQualitySamples()所属R语言包:beadarraySNP
Quality control of SnpSetIllumina objects
质量控制SnpSetIllumina对象
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Remove samples from a SnpSetIllumina object that show a low quality
删除从SnpSetIllumina对象的样本显示低质量
用法----------Usage----------
removeLowQualitySamples(object, min.intensity = 1500, min.gt = 100, subsample = "OPA")
参数----------Arguments----------
参数:object
SnpSetIllumina-class object
SnpSetIllumina-class对象
参数:min.intensity
numeric. Samples that show a median intensity below this value in either Red or Green channel are removed
numeric。显示红色或绿色通道低于这个值的平均强度的样品被删除
参数:min.gt
numeric. Samples that have less than this amount of valid genotypes are removed
numeric。样品有不到这种有效的基因型金额被删除
参数:subsample
factor or column name in featureData slot of object
因素或列名在的featureData插槽object
值----------Value----------
This function returns an SnpSetIllumina object.
此函数返回一个SnpSetIllumina对象。
作者(S)----------Author(s)----------
Jan Oosting
举例----------Examples----------
data(chr17.260)
chr17.260<-removeLowQualitySamples(chr17.260,min.gt=10)
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