GenomicReports(beadarraySNP)
GenomicReports()所属R语言包：beadarraySNP
Genomic reports
基因组的报告
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Create reports for all samples in a dataset.
创建DataSet中所有样品的报告。
用法----------Usage----------
reportChromosomesSmoothCopyNumber(snpdata, grouping, normalizedTo=2,
smooth.lambda=2, ridge.kappa=0, plotLOH=c("none", "marker", "line", "NorTum"),
sample.colors = NULL, ideo.bleach=0.25, ...)
reportSamplesSmoothCopyNumber(snpdata, grouping, normalizedTo=2,
smooth.lambda=2, ridge.kappa=0, plotLOH=c("none", "marker", "line", "NorTum"),
sample.colors=NULL, ...)
reportGenomeGainLossLOH(snpdata, grouping, plotSampleNames=FALSE, sizeSampleNames=4,
distance.min, upcolor="red", downcolor="blue", lohcolor="grey", hetcolor="lightgrey",
lohwidth=1, segment=101, orientation=c("V","H"), ...)
reportChromosomeGainLossLOH(snpdata, grouping, plotSampleNames=FALSE, distance.min,
upcolor="red", downcolor="blue", lohcolor="grey", hetcolor="lightgrey", proportion=0.2,
plotLOH=TRUE, segment=101, ...)
reportGenomeIntensityPlot(snpdata, normalizedTo=NULL, subsample=NULL, smoothing=c("mean", "quant"),
dot.col="black", smooth.col="red", ...)
参数----------Arguments----------
参数：snpdata
SnpSetIllumina object.
SnpSetIllumina对象。
参数：grouping
factor, elements with same value are plotted together. Defaults to groups of 4 in order of the samples in the object.
因子，具有相同值的元素绘制在一起。在对象中的样本的顺序默认为4组。
参数：normalizedTo
numeric, a horizontal line is drawn at this position.
数字，在这个位置上绘制一个水平线。
参数：smooth.lambda
smoothing parameter for quantsmooth.
quantsmooth平滑参数。
参数：ridge.kappa
smoothing parameter for quantsmooth.
quantsmooth平滑参数。
参数：plotLOH
indicate regions or probes with LOH, see details.
表明区域或与蕙探针，查看详情。
参数：sample.colors
vector of color.
向量的颜色。
参数：plotSampleNames
logical.
逻辑。
参数：sizeSampleNames
numeric, margin size for sample names.
数字，保证金规模为样本名。
参数：distance.min
numerical.
数值。
参数：upcolor
color.
颜色。
参数：downcolor
color.
颜色。
参数：lohcolor
color.
颜色。
参数：hetcolor
color.
颜色。
参数：lohwidth
numerical, relative width of the LOH part of the sample
数值，相对宽度的部分样品蕙
参数：segment
integer.
整数。
参数：orientation
["V","H"], vertical or horizontal orientation of plot.
[“V”型，“H”的图，纵向或横向方向。
参数：proportion
numerical, proportion of the plot to use for idiogram annotation
数值，图的比例，使用idiogram注释
参数：subsample
character, or factor of length of features
字符，或因子的功能长度
参数：smoothing
Type of smoothing per chromosome.
平滑每个染色体的类型。
参数：dot.col
color.
颜色。
参数：smooth.col
color.
颜色。
参数：ideo.bleach
numeric [0,1]
数字[0,1]
参数：...
arguments are forwarded to plot or getChangedRegions.
参数转发到plot或getChangedRegions。
Details
详情----------Details----------
The first function creates plots for each group and each chromosome in the dataset. The second function creates full genome plot for each group in the dataset. Beware that a lot of plots can be created, and usually you should prepare for that, by redirecting the plots to pdf or functions that create picture files like jpg, png, bmp.
第一个函数创建DataSet中的每个组和每个染色体的图。第二个函数创建DataSet中的每个组的全基因组的图。当心，很多图可以创建，通常，你应该准备通过重定向图pdf像jpg, png, bmp图片文件的功能，创建的，。
值----------Value----------
These functions are executed for their side effects
这些函数执行其副作用
作者（S）----------Author(s)----------
Jan Oosting
参见----------See Also----------
quantsmooth,prepareGenomePlot, pdfChromosomesSmoothCopyNumber, pdfSamplesSmoothCopyNumber
quantsmooth，prepareGenomePlot，pdfChromosomesSmoothCopyNumber，pdfSamplesSmoothCopyNumber
举例----------Examples----------
data(chr17.260)
chr17nrm <- standardNormalization(chr17.260)
par(mfrow = c(4,2), mar = c(2,4,2,1))
reportChromosomesSmoothCopyNumber(chr17nrm, grouping=pData(chr17.260)$Group,smooth.lambda = 4)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 12:35:16
