R语言 attract包 calcFuncSynexprs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calcFuncSynexprs(attract)
calcFuncSynexprs()所属R语言包：attract

                                         Functional enrichmental analysis for a set of synexpression groups.
                                         功能一套synexpression组enrichmental分析。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs functional enrichment for a given set of synexpression groups.
此功能执行富集的synexpression组给定的功能。


用法----------Usage----------


calcFuncSynexprs(mySynExpressionSet, myAttractorModuleSet, ontology = "BP", min.pvalue = 0.05, min.pwaysize = 5, annotation = "illuminaHumanv2BeadID.db", ...)



参数----------Arguments----------

参数：mySynExpressionSet
SynExpressionSet object.  
SynExpressionSet对象。


参数：myAttractorModuleSet
AttractorModuleSet object.  
AttractorModuleSet对象。


参数：ontology
character string specifying which GO ontology to use, either "MF", "BP", or "CC"; defaults to "BP".  
字符串指定的本体使用，无论是“MF”，“BP”，或“抄送”，默认为“BP”。


参数：min.pvalue
numeric value specifying adjusted P-value cut-off to use, categories with P-values <= min.pvalue will be reported.  
调整数值指定P值切断使用，类与P值<= min.pvalue将报告。


参数：min.pwaysize
integer specifying minimum size of the pathway or category to consider for enrichment analysis.  
integer指定富集分析考虑的途径或类别的最小大小。


参数：annotation
character string specifying the annotation package that corresponds to the chip platform the data was generated from.   
字符串指定的注解包，对应的数据产生的芯片平台。


参数：...
additional arguments.  
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function performs a functional enrichment analysis on each synexpression group using the hyperGTest from  the GOstats package. P-values are adjusted using the Benjamini-Hochberg correction method. Results are returned only if they satisfy the minimum P-value level, as specified by the min.pvalue argument.
这个函数执行一个功能富集分析每个synexpression使用hyperGTestGOstats包组。 P值调整使用Benjamini Hochberg校正方法。返回结果，只有当他们满足的最低水平，P值min.pvalue参数指定。


值----------Value----------

A list object.
一个list对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Jessica Mar




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(subset.loring.eset)
attractor.states <- findAttractors(subset.loring.eset, "celltype", nperm=10, annotation="illuminaHumanv1.db")
remove.these.genes <- removeFlatGenes(subset.loring.eset, "celltype", contrasts=NULL, limma.cutoff=0.05)
mapk.syn <- findSynexprs("04010", attractor.states, remove.these.genes)
mapk.func <- calcFuncSynexprs(mapk.syn, attractor.states, "CC", annotation="illuminaHumanv1.db")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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