R语言 ArrayTools包 regress()函数中文帮助文档(中英文对照)

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regress(ArrayTools)
regress()所属R语言包：ArrayTools

                                        Run regression to fit genewise linear model
                                         运行回归到适合2-6。线性模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fit genewise linear model using LIMMA package, ordinary linear regression, or permutation method.
适合2-6。线性模型，使用LIMMA包，普通的线性回归，或置换的方法。


用法----------Usage----------


regress(object, contrast, method = c("limma", "regression", "permutation"), adj = "none", permute.time = 1000)



参数----------Arguments----------

参数：object
an ExpressionSet
1 ExpressionSet


参数：contrast
a contrastMatrix  
1 contrastMatrix


参数：method
choose the follwoing three options: "limma" (LIMMA),  "regression" (ordinary linear regression), "permutation" (permutation test)
选择的follwoing的三个选项：“limma”（LIMMA），“回归”（普通线性回归），“置换”（置换试验）


参数：adj
adjustment method for multiple comparison test, including "holm",  "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr", "none". The default  value is "none". Type help(p.adjust) for more detail.
多次对比试验，其中包括“冬青”，“hochberg”，“HOMMEL”，“邦弗朗尼”，“波黑”，“”，“FDR”，“无”的调整方法。默认值是“没有”。键入help（p.adjust）的更多细节。


参数：permute.time
number of permutation times, only used for the "permutation" method
数量置换倍仅用于“置换”的方法，


值----------Value----------

an object of regressResult
一个regressResult的对象


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu, Arthur Li



举例----------Examples----------


data(eSetExample)
design<- new("designMatrix", target=pData(eSetExample), covariates = "Treatment")
contrast<- new("contrastMatrix", design.matrix = design,
    compare1 = "Treated", compare2 = "Control")
result<- regress(eSetExample, contrast)

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注：
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