R语言 ArrayTools包 postInteraction()函数中文帮助文档(中英文对照)

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postInteraction(ArrayTools)
postInteraction()所属R语言包：ArrayTools

                                        Create an Object of InteractionResult Class for Testing Interaction
                                         创建测试互动InteractionResult类的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Based on the result from the interaction test by looking at the result from the regressResult object, this function partitions tne orignal data, an  ExpressionSetinto groups, one contains the genes without the interaction and others contains the genes with the interaction across different level of covariates.
从交互测试的结果看在从regressResult对象的基础上，此功能分区TNE一部开拓创新的数据，ExpressionSetinto组，一个包含无相互作用的基因和其他基因含有不同程度的变项之间的互动。


用法----------Usage----------


postInteraction(eSet, regressObject, mainVar, compare1, compare2, method = regressionMethod(regressObject), adj = adjustment(regressObject))



参数----------Arguments----------

参数：eSet
an ExpressionSet
1 ExpressionSet


参数：regressObject
a regressResult  
1 regressResult


参数：mainVar
variable of main interest
变量的主要利益


参数：compare1
the first value of the mainVar. For example, suppose that  mainVar is "drug", and there are three unique values: "drug1",  "drug2", and "placebo". You would like to compare "drug1" to "drug2".  Then you would use "drug1" as compare1
mainVar第一个值。例如，假设，mainVar是“毒品”，并有三个独特的价值观：“drug1”，“drug2”，“安慰剂”。您想比较“drug1”为“drug2”的。那么你可以使用compare1，“drug1”


参数：compare2
Based on the example for compare1, "drug2" will be the compare2
对compare1，“drug2的”例子的基础将是compare2


参数：method
It is used to run regression within each level of the effect modifier. choose the follwoing three options: "limma" (LIMMA),  "regression" (ordinary linear regression), "permutation" (permutation test)
它被用来运行在每个水平的效果修饰回归。选择的follwoing的三个选项：“limma”（LIMMA），“回归”（普通线性回归），“置换”（置换试验）


参数：adj
adjustment method for multiple comparison test, including "holm",  "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr", "none". The default  value is "none". Type help(p.adjust) for more detail.
多次对比试验，其中包括“冬青”，“hochberg”，“HOMMEL”，“邦弗朗尼”，“波黑”，“”，“FDR”，“无”的调整方法。默认值是“没有”。键入help（p.adjust）的更多细节。


值----------Value----------

an interactionResult class.  The first component contains all the result for all the genes.  The second component contains the genes without the interaction effect.  The rest of the components contains genes with the interactions.  
interactionResult类。第一部分包含所有基因的结果。第二部分包含没有互动作用的基因。其余的组件包含与基因的相互作用。


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu, Arthur Li



举例----------Examples----------


data(eSetExample)
design.int<- new("designMatrix", target=pData(eSetExample), covariates = c("Treatment", "Group"),
    intIndex = c(1, 2))
contrast.int<- new("contrastMatrix", design.matrix = design.int, interaction=TRUE)
result.int<- regress(eSetExample, contrast.int)
sigResult.int <- selectSigGene(result.int)
intResult <- postInteraction(eSetExample, sigResult.int, mainVar ="Treatment",
   compare1 = "Treated", compare2 = "Control")

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