R语言 spacodiR包 phy.dotplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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phy.dotplot(spacodiR)
phy.dotplot()所属R语言包：spacodiR

                                        EXPERIMENTAL: plotting members of communities (or plots) on a phylogeny
                                         实验：规划上的亲缘关系成员的社区（或曲线）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

phy.dotplot is used to visually display species membership in communities, generating one plot per community
phy.dotplot使用直观地显示物种的成员在社区，每个社区产生一个图


用法----------Usage----------


phy.dotplot(sp.plot, phy, edge.width = 0.2, lab.adj = c(0, 0), tips.adj = c(0.5, 3), tips.cex = 1.0, pch = 21, print.labs = FALSE, outfile=NULL,...)



参数----------Arguments----------

参数：sp.plot
a community dataset in spacodiR format (see as.spacodi)
社区spacodiR格式的数据集（见as.spacodi）


参数：phy
a phylogenetic tree of class phylo; see read.tree
类的进化树phylo; read.tree


参数：edge.width
a value specifying the thickness of branches on the plotted phylogen(ies)
一个值指定分行的厚度，绘制的phylogen（IES）


参数：lab.adj
a vector of two values, adjusting plotted group names, with respect to the x- and y-axes
两个值的矢量，调整绘制的组名，相对于于x-轴和y轴


参数：tips.adj
a vector of two values, adjusting the position of plotted symbols (referencing the x- and y-axes)
两个值的矢量，调整绘制符号（引用的x-轴和y轴的位置）


参数：tips.cex
a value for character expansion of plotted symbols for present species
绘制字符的值扩大本种的符号


参数：pch
a value for the plotting character for species-presence symbols: see par
物种存在的符号绘制字符的值：见par


参数：print.labs
Boolean; returns array of tip labels, group membership of species, and tree to the console
布尔返回数组的提示标签，组成员的物种，树的控制台


参数：outfile
an optional .pdf file to which to write output
一个可选的PDF格式的文件，将输出写入


参数：...
additional plotting options to be specified
指定额外的绘图选项


Details

详细信息----------Details----------

For several groups (fewer than sixteen, for optimal visibility), this function will generate a plot of phylogenies, group labels for each  tree, and symbols demarcating a particular species that is present within the group. This may be useful in visual representations of phylogenetic overdispersion
以下几组（少于16，为达到最佳视觉效果），此功能会产生系统发育，每棵树的组标签和符号划定一个特定的物种，是目前组内的一个图。这可能是有用的可视化表示系统发育偏大


值----------Value----------

A collection of trees (or a single tree), where species present within a predefined group are represented with a dark circle at the tip (if pch=21).
树（或一个单一的树），物种存在于一组预定义的集合代表一个黑圈的尖端（如果pch=21）。


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



实例----------Examples----------


data(sp.example)
attach(sp.example)

phy.dotplot(sp.plot=spl[,1:9], phy=phy, tips.adj=c(0.50,0.55), lab.adj=c(0,1))

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