R语言 spacodiR包 as.spacodi()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

as.spacodi(spacodiR)
as.spacodi()所属R语言包：spacodiR

                                        converting between data formats for community phylogenetics
                                         数据格式之间的转换，社会系统发育

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

as.spacodi converts from picante or phylocom data formats into spacodi format.
as.spacodipicante或phylocomspacodi格式的数据格式转换成转换。


用法----------Usage----------


as.spacodi(data, outfile = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
a community dataset in phylocom or picante format
社区phylocom或picante格式的数据集


参数：outfile
an optional text file to which to write output
一个可选的文本文件，将输出写入


Details

详细信息----------Details----------

This utility converts a community dataset (either from phylocom or picante (see picante)  into a format interpretable by either this R-package spacodiR or the external program SPACoDi,  a Windows executable (available at http://ebe.ulb.ac.be/ebe/Software.html). Note also that the  community-dataset format used here is also that called for by the package vegan; see vegandocs.
此实用程序将社区的数据集（无论是从phylocom或picante（见picante）到R-包的格式解释spacodiR或外部程序<X >，一个Windows可执行（可在http://ebe.ulb.ac.be/ebe/Software.html）的。还请注意，这里使用的是社会数据集格式要求的包SPACoDi 看vegan。

phylocom format is also referred to as triplet-formatting, where plots are within the first column,  abundances in the second, and species names in the third column of the dataframe. picante format is simply  the transpose of spacodiR-formatting of the community dataset: in spacodiR, species are expected as  the row names of the dataframe, where plots are represented as the column names. The user has the option to save  an output file, defined by outfile.
phylocom格式也被称为triplet-格式，其中的图内的第一列中，在第二，丰度和物种的名称，在第三列中的数据框。 picante格式是简单的转spacodiR格式的的社区数据集的：在spacodiR，种类，预计行的数据框的名称，图表示的列名。用户可以选择保存输出文件中所定义的outfile。


值----------Value----------

An array, formatted for use in spacodiR
一个数组，用于格式化spacodiR


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



参见----------See Also----------

as.phylocom; as.picante
as.phylocom; as.picante


实例----------Examples----------


# call example data from spacodiR[呼叫例如从spacodiR的数据]
data(sp.example)
attach(sp.example)
spl->d.spacodi  
d.spacodi ## SPACoDi format[＃SPACoDi格式]

# convert to phylocom[转换到Phylocom的]
as.phylocom(data=d.spacodi, picante=FALSE)->d.phylocom
d.phylocom ## phylocom format[＃Phylocom的格式]

# convert dataset to picante[转换数据集的Picante的]
as.picante(data=d.phylocom)->d.picante
d.picante ## picante format[＃Picante的格式]

# convert back to SPACoDi [转换回SPACoDi]
as.spacodi(data=d.picante)


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