R语言 spacodiR包 as.picante()函数中文帮助文档(中英文对照)

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as.picante(spacodiR)
as.picante()所属R语言包：spacodiR

                                        converting between data formats for community phylogenetics
                                         数据格式之间的转换，社会系统发育

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

as.picante converts from spacodi or phylocom data formats into picante format.
as.picantespacodi或phylocompicante格式的数据格式转换成转换。


用法----------Usage----------


as.picante(data, outfile = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
a community dataset in phylocom or spacodi format
社区phylocom或spacodi格式的数据集


参数：outfile
an optional text file to which to write output
一个可选的文本文件，将输出写入


Details

详细信息----------Details----------

This utility converts a community dataset (either from phylocom or spacodiR)  into a format interpretable by picante (see picante-package). phylocom format is also referred  to as triplet-formatting, where plots are within the first column, abundances in the second, and species names in the third column of the dataframe. The user has the option to save an output file, defined by outfile.  SPACoDi format is  similar to that for picante, where dataframes between these packages are transposed.  SPACoDi format should have species as row names.
此实用程序将社区的数据集（无论是从phylocom或spacodiR格式）转换成可解释的picante（见picante-package）。 phylocom格式也被称为triplet-格式，其中的图内的第一列中，在第二，丰度和物种的名称，在第三列中的数据框。用户可以选择保存输出文件中所定义的outfile。 SPACoDi，其中dataframes这些软件包之间的换位picante：格式是类似的。 SPACoDi格式应该有行名的物种。


值----------Value----------

An array, formatted for use in picante
一个数组，用于格式化picante


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



参见----------See Also----------

as.spacodi and as.phylocom for converting between phylocom  and SPACoDi formats; see picante-package
as.spacodi和as.phylocomphylocom和SPACoDi格式之间的转换，见picante-package


实例----------Examples----------


# call example data from SPACoDi[呼叫例如从SPACoDi的数据]
data(sp.example)
attach(sp.example)
spl->d.spacodi  
d.spacodi ## SPACoDi format[＃SPACoDi格式]

# convert to phylocom[转换到Phylocom的]
as.phylocom(data=spl, picante=FALSE)->d.phylocom
d.phylocom ## phylocom format[＃Phylocom的格式]

# convert dataset to picante[转换数据集的Picante的]
as.picante(data=d.phylocom)->d.picante
d.picante ## picante format[＃Picante的格式]

# convert back to SPACoDi [转换回SPACoDi]
as.spacodi(data=d.picante)

# run standardized effect size mean nearest taxon distances in picante[运行标准化的规模效应，是指在最近的类群距离Picante的]
ses.mntd(as.picante(spl), cophenetic(phy))


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