R语言 someMTP包 someMTP-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

someMTP-package(someMTP)
someMTP-package()所属R语言包：someMTP

                                         Some Multiple Testing Procedures
                                         一些多次测试程序

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

It is a collection of functions for Multiplicty Correction and Multiple Testing.
这是一个集合多重数校正和多种测试功能。


Details

详细信息----------Details----------

</table>
</ TABLE>


（作者）----------Author(s)----------



livio finos


Maintainer: &lt;livio@stat.unipd.it&gt;




参考文献----------References----------

For weighted methods:
Benjamini, Hochberg (1997). Multiple hypotheses testing with weights. Scand. J. Statist. 24, 407-418.
Finos,  Salmaso (2007). FDR- and FWE-controlling methods using data-driven weights. Journal of Statistical Planning and Inference, 137,12, 3859-3870.


For LSD test:
J. Lauter, E. Glimm and S. Kropf (1998). Multivariate test based on Left-Spherically Distributed Linear Scores.  The Annals of Statistics, Vol. 26, No. 5, 1972-1988

L. Finos (2011). A note on Left-Spherically Distributed Test with covariates, Statistics and Probabilty Letters, Volume 81, Issue 6, June 2011, Pages 639-641

实例----------Examples----------


set.seed(13)
y &lt;- matrix(rnorm(5000),5,1000) #create toy data[创建玩具数据]
y[,1:100] &lt;- y[,1:100]+3 #create toy data[创建玩具数据]

p &lt;- apply(y,2,function(y) t.test(y)$p.value) #compute p-values[计算p-值]
M2 &lt;- apply(y^2,2,mean) #compute ordering criterion[计算排序标准]

fdr   &lt;- p.adjust(p,method="BH") #(unweighted) procedure, fdr control[（未加权）程序，FDR控制]
sum(fdr<.05)
fdr.w &lt;- p.adjust.w(p,method="BH",w=M2) #weighted procedure, weighted fdr control[加权程序，加权FDR控制]
sum(fdr.w<.05)

fwer   &lt;- p.adjust(p,method="holm") #(unweighted) procedure, fwer control[（未加权）程序，fwer控制]
sum(fwer<.05)
fwer.w &lt;- p.adjust.w(p,method="BHfwe",w=M2) #weighted procedure, weighted fwer (=fwer) control[加权程序，的加权fwer（= fwer）控制]
sum(fwer.w<.05)

plot(M2,-log10(p))

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