R语言 ArrayTools包 geneFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneFilter(ArrayTools)
geneFilter()所属R语言包：ArrayTools

                                        filter an ExpressionSet using different methods
                                         过滤一个ExpressionSet，用不同的方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a filtered 'ExpressionSet' based on background, range, or interquartile range
创建一个过滤“ExpressionSet”背景的基础上，范围，或四分范围


用法----------Usage----------


geneFilter(object, pct = 0.1, numChip = ceiling(ncol(exprs(object)) * pct), bg = 4, range = 0, iqrPct = 0, output = FALSE, mydir = getwd())



参数----------Arguments----------

参数：object
an ExpressionSet
ExpressionSet


参数：pct
percentage
百分比


参数：numChip
number of chips. If you would like to filter the ExpressionSet  based on at least 3 chips greater than 1 (bg=1), then set numChip = 3
芯片的数目。如果你想过滤ExpressionSet至少3个芯片，大于1（BG = 1），然后设置numChip = 3


参数：bg
background value. If you would like to filter the ExpressionSet based on at least 3 chips greater than 1, then set bg=1
背景值。如果你想过滤ExpressionSet至少3个芯片大于1的基础上，然后设置BG = 1，


参数：range
range = max value - min value of each gene
范围=最大值 - 分钟，每个基因的价值


参数：iqrPct
interquartile percentage
四分位百分比


参数：output
if output = TRUE, output filtered data in the sepecified directory  
如果输出= TRUE，输出数据过滤在sepecified目录


参数：mydir
the directory containing the filtered data
包含过滤数据的目录


Details

详情----------Details----------

There are three filtering methods. The User can use either one, two, or three.  1). At least a certain number of chips (numChip) are greater than a given background (bg) 2). The range of the gene have to be greater than a given value (range) 3). Calulating the interquatile range (IQR) of each gene to create an IQR vector.  Based on the given percentage (e.g. iqrPct=0.2), find the corresponding percentile.  If IQR is less than percentile, the gene will be filtered
有三种过滤方法。用户可以使用一个，两个或三个。 1）。至少有一定的芯片数量（numChip）大于给定的背景（BG）2）。该基因的范围必须大于给定值（范围）3）。采掘工作面的每一个基因的interquatile范围（四分）创建一个四分向量。基于给定的百分比（例如iqrPct = 0.2），找到相应的百分位。如果IQR为比百分较少，基因将被过滤


值----------Value----------

a filtered ExpressionSet
经过筛选的ExpressionSet


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu, Arthur Li



举例----------Examples----------


data(eSetExample)
filtered <- geneFilter(eSetExample)

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注：
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