R语言 SNPRelate包 snpgdsSNPListIntersect()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsSNPListIntersect(SNPRelate)
snpgdsSNPListIntersect()所属R语言包：SNPRelate

                                         Get a common SNP list between two SNP list objects
                                         常见的SNP列表对象列表中的两个SNP

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get a common SNP list by comparing their rs id, chromosome indices and positions.
一个共同的SNP列表，通过比较其RS的ID，染色体指数和位置。


用法----------Usage----------


snpgdsSNPListIntersect(snplist1, snplist2)



参数----------Arguments----------

参数：snplist1
the first SNP list object snpgdsSNPListClass
第一SNP列表对象snpgdsSNPListClass


参数：snplist2
the second SNP list object snpgdsSNPListClass
第二个SNP列表对象snpgdsSNPListClass


值----------Value----------

Return an object of “snpgdsSNPListClass” including the following components:
返回一个对象的“snpgdsSNPListClass”，包括以下组成部分：


参数：rs.id
SNP id
SNP ID


参数：chromosome
SNP chromosome index
SNP染色体指数


参数：position
SNP physical position in basepair
SNP物理位置的碱基对组成的


参数：allele
reference / non-ref alleles from the first SNP list object
参考/引用非等位基因SNP列表对象


参数：afreq
allele frequency from the first SNP list object
从第一SNP列表对象的等位基因频率


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsSNPList, snpgdsSNPListStrand
snpgdsSNPList，snpgdsSNPListStrand


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

# to get a snp list object[获得SNP列表对象]
snplist1 <- snpgdsSNPList(genofile)
snplist2 <- snpgdsSNPList(genofile)

# a common snp list[一个常见的SNP列表]
snplist <- snpgdsSNPListIntersect(snplist1, snplist2)

summary(snplist$afreq)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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