R语言 SNPRelate包 snpgdsLDMat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsLDMat(SNPRelate)
snpgdsLDMat()所属R语言包：SNPRelate

                                         Linkage Disequilibrium (LD) analysis
                                         连锁不平衡（LD）分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Return a LD matrix for SNP pairs.
返回LD基体SNP对。


用法----------Usage----------


snpgdsLDMat(gdsobj, sample.id = NULL, snp.id = NULL,
        method = c("composite", "r", "dprime", "corr"), num.thread = 1, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：method
"composite", "r", "dprime", "corr", see details
“复合”，“R”，“dprime”，“校正”，查看详情


参数：num.thread
the number of CPU cores used
CPU核心的数量


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

Four methods can be used to calculate linkage disequilibrium values: "composite" for LD composite measure, "r" for r square, "dprime" for D', and "corr" for correlation coefficient. The method "corr" is equivalent to "composite", when SNP genotypes are coded as: 0 – BB, 1 – AB, 2 – AA.
有四种方法可以用来计算连锁不平衡值：“复合”LD综合衡量，R平方为“R”，“Ddprime”，和“校正”的相关系数。 “校正”的方法是相当于“复合”，SNP基因型时，被编码为：0  -  AB，BB，1  -  2  -  AA。


值----------Value----------

Return a list:
返回一个列表：


参数：sample.id
the sample ids used in the analysis
在分析中使用的样品的id


参数：snp.id
the SNP ids used in the analysis
在分析中使用的SNP ID的


参数：LD
a matrix of LD values
LD值的矩阵


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------



in Feldman MW (ed): Mathematical Evolutionary Theory. Princeton, NJ: Princeton University Press, 1989.

参见----------See Also----------

snpgdsLDpair, snpgdsLDpruning
snpgdsLDpair，snpgdsLDpruning


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snpset <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.id"))[1:200]
L1 <- snpgdsLDMat(genofile, snp.id=snpset, method="composite")
L2 <- snpgdsLDMat(genofile, snp.id=snpset, method="r")
L3 <- snpgdsLDMat(genofile, snp.id=snpset, method="dprime")
L4 <- snpgdsLDMat(genofile, snp.id=snpset, method="corr")

# plot[图]
image(abs(L1$LD))

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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