R语言 SNPRelate包 snpgdsIndInbCoef()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsIndInbCoef(SNPRelate)
snpgdsIndInbCoef()所属R语言包：SNPRelate

                                         Individual Inbreeding Coefficient
                                         个人近交系数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To calculate an individual inbreeding coefficient using SNP genotype data
利用SNP基因型数据计算个人的近亲繁殖系数


用法----------Usage----------


snpgdsIndInbCoef(x, p, method = c("mom.weir", "mom.visscher", "mle"),
        reltol=.Machine$double.eps^0.75)



参数----------Arguments----------

参数：x
SNP genotypes
SNP基因型


参数：p
allele frequencies
等位基因频率


参数：method
see details
详情请参阅


参数：reltol
relative convergence tolerance used in MLE; the algorithm stops if it is unable to reduce the value of log likelihood by a factor of $reltol * (abs(log likelihood with the initial parameters) + reltol)$ at a step.
相对收敛公差MLE算法停止，如果它是无法对数似然值减少的一个因素$ RELTOL *（ABS（对数似然的初始参数）+ RELTOL）在步骤。


Details

详细信息----------Details----------

The method can be: "mom.weir": a modified Visscher's estimator, proposed by Bruce Weir; "mom.visscher": Visscher's estimator described in Yang et al. (2010); "mle": the maximum likelihood estimation.
method可以是：“mom.weir”：修改后的比塞彻的估计，提出由布鲁斯·威尔个“mom.visscher”：比塞彻的估计杨等。 （2010年），“最大似然估计：最大似然估计。


值----------Value----------

Return estimated inbreeding coefficient.
返回估计近交系数。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------

Martin NG, Montgomery GW, Goddard ME, Visscher PM. 2010. Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height. Nat Genet. 42(7):565-9. Epub 2010 Jun 20.

实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

chr1 <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.id"))[
        read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.chromosome"))==1]
chr1idx <- match(chr1, read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.id")))

AF <- snpgdsSNPRateFreq(genofile)
g <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "genotype"), start=c(1,1), count=c(-1,1))

snpgdsIndInbCoef(g[chr1idx], AF$AlleleFreq[chr1idx], method="mom.weir")
snpgdsIndInbCoef(g[chr1idx], AF$AlleleFreq[chr1idx], method="mom.visscher")
snpgdsIndInbCoef(g[chr1idx], AF$AlleleFreq[chr1idx], method="mle")

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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