R语言 arrayQuality包 heeboQualityPlots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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heeboQualityPlots(arrayQuality)
heeboQualityPlots()所属R语言包：arrayQuality

                                        Qualitative diagnostic plot for general hybridization, specific
                                         一般杂交定性诊断的图，具体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function generates diagnostic plots for a qualitative assessment of slide quality.  
这个函数生成的幻灯片质量定性评估诊断图。


用法----------Usage----------


heeboQualityPlots(mrawObj, headerInfo = "", save = TRUE, dev = "png",
col = NULL, badspotfunction = NULL, controlId = c("ID", "Name"), seqId =
"SeqID", organism = "Hs", DEBUG = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：mrawObj
marrayRaw  or RGList object representing the slides to be tested.
marrayRaw或RGList对象代表进行测试的幻灯片。


参数：headerInfo
Text to be used as header in the diagnostic plot.
文本被用来作为诊断图头。


参数：save
Logical. If 'TRUE', the plot is saved to a file.
逻辑。如果“TRUE”，该图将被保存到一个文件。


参数：dev
A "character" string naming the graphics device. This will take arguments "png", "jpeg" and "ps" only. By default, dev is set to "png".
一个“字符”字符串命名的图形设备。这将带参数的“PNG”，“JPEG”和“PS”只。默认情况下，开发设置“PNG”。


参数：col
Vector of colors to use to describe different categories of spots.
向量的颜色来形容不同类别的斑点。


参数：badspotfunction
Function to use for bad spots on the array.
函数使用阵列上的坏点。


参数：controlId
Character string. Name of the column of the gpr file used to define controls (or provides the name of the probes).
字符串。 GPR文件用于定义控件（或提供的探针的名称）的列的名称。


参数：seqId
A "character" string naming the column of the MEEBO annotation to use to retrieve replicated sequences.
一个“字”命名Meebo的注解列来检索复制序列的字符串。


参数：organism
A "character" string naming the organism genome printed on the array, either "Mm" or "Hs". By default, organism is set to "Hs". It is used to retrieve the corresponding Oligo set annotations.
一个“字符”字符串命名的生物体的基因组阵列上，无论是“MM”或“HS”。默认情况下，机体被设置为“HS”。它是用来检索相应的寡集注释。


参数：DEBUG
If 'TRUE', debug statements are printed.
如果“TRUE”，打印调试语句。


参数：...
additional arguments
额外的参数


Details

详情----------Details----------

The right panels of the diagnostic plot contain boxplots of the various controls in the set, like positive or negative controls, as set in the marrayRaw of RGlist object. Replicated controls are recognized based on their HEEBO sequence id.
正确的诊断图板包含集合中的各种控件的盒状图，积极或消极的控制，如在RGlist对象marrayRaw设置。复制控制确认的基础上其HEEBO序列ID。


作者（S）----------Author(s)----------


Agnes Paquet



参见----------See Also----------

heeboQuality, gpQuality, maQualityPlots,HeeboSpotTypes,
heeboQuality，gpQuality，maQualityPlots，HeeboSpotTypes


举例----------Examples----------


if (interactive())
{
require(HEEBOdata)
datadir <- system.file("Heebo", package="HEEBOdata")
gal <- readGAL("hoc.gal", path=datadir)
RG <-
read.maimages(files=c("63421.gpr"), path=datadir, source="genepix.median",other.columns="Flags")
RG$genes <- gal
RG$printer <- getLayout(RG$genes)
RG$genes$Status <- controlStatus(HeeboSpotTypes,RG,verbose=TRUE)
rownames(RG$R) <- rownames(RG$G) <- RG$genes[,"ID"]
heeboQualityPlots(RG)
}

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