R语言 SNPassoc包 tableHWE()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

tableHWE(SNPassoc)
tableHWE()所属R语言包：SNPassoc

                                        Test for Hardy-Weinberg Equilibrium
                                         Hardy-Weinberg平衡测试

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Test the null hypothesis that Hardy-Weinberg equilibrium holds in cases,  controls and both populations.
测试空假设Hardy-Weinberg平衡的情况下，控制和这两个群体持有。

print print the information. Number of digits, and significance level can be changed
print打印信息。可以改变号码的位数，显着性水平


用法----------Usage----------


tableHWE(x, strata)




参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class 'setupSNP'
对象类的setupSNP“


参数：strata
a factor variable for a stratified analysis
分层分析的一个因素变量


Details

详细信息----------Details----------

This function calculates the HWE test for those variables of class 'snp' in the object x of  class 'setupSNP'
此函数计算HWE检验这些变量的类“单核苷酸多态性”的对象x类的setupSNP


值----------Value----------

A matrix with p values for Hardy-Weinberg Equilibrium
Hardy-Weinberg平衡的矩阵P值


（作者）----------Author(s)----------


This function is based on an R function which computes an exact SNP test of Hardy-Weinberg Equilibrium
written by Wigginton JE, Cutler DJ and Abecasis GR available at <a href="http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Exact/r_instruct.html">http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Exact/r_instruct.html</a>



参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

setupSNP
setupSNP


实例----------Examples----------


data(SNPs)
ans<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="")
res<-tableHWE(ans)
print(res)
#change the significance level showed in the flag column[改变标志“列中显示的显着性水平]
print(res,sig=0.001)


#stratified analysis[分层分析]
res<-tableHWE(ans,ans$sex)
print(res)



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