R语言 arrayQuality包 globalQuality()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

globalQuality(arrayQuality)
globalQuality()所属R语言包：arrayQuality

                                        Quality measures for general hybridization.
                                         一般杂交质量的措施。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function provides Quality Control measures for GenePix, Spot and Agilent format files. It is used to create a table of measures to be used as reference in gpQuality, spotQuality or agQuality.
此功能提供GenePix，现货和安捷伦格式的文件的质量控制措施。用它来创建一个表要作为参考gpQuality，spotQuality或agQuality使用的措施。


用法----------Usage----------


globalQuality(fnames = NULL, path = ".", organism = c("Mm", "Hs"),
output = FALSE, resdir = ".", DEBUG = FALSE, inputsource = "readGPR", controlId="ID",...)



参数----------Arguments----------

参数：fnames
A "character" string naming the input files.
一个“字符”字符串，命名输入文件。


参数：path
a "character" string representing the data directory.  By default this is set to the current working directory (".").
“字符”字符串表示的数据目录。默认情况下，这是设置为当前工作目录（“。”）。


参数：organism
A "character" string naming the organism genome printed on the array, either "Mm" or "Hs". By default, organism is set to "Mm". It is used to retrieve the corresponding reference tables.
一个“字符”字符串命名的生物体的基因组阵列上，无论是“MM”或“HS”。默认情况下，机体被设置为“MM”。它是用来检索相应的参考表。


参数：output
Logical. If 'TRUE', the quality measures are printed to a file.  
逻辑。如果“TRUE”，打印质量的措施到一个文件。


参数：resdir
A "character" string representing the directory where the results will be saved. By default, this is set to the current working directory (".").  
一个“字符”字符串表示的结果将被保存的目录。默认情况下，这是设置为当前工作目录（“。”）。


参数：DEBUG
If 'TRUE', debug statements are printed.
如果“TRUE”，打印调试语句。


参数：inputsource
A "character" string providing the name of the function to use to read the input files. It should be inputsource = "readGPR" for GenePix format files, inputsource = "readSpot" for Spot files, or inputsource = "readAgilent" for Agilent format. By default, 'inputsource' is set to "readGPR".
一个“人物”提供的函数的名称，使用的字符串读取输入文件。它应该是的InputSource =“readGPR”的GenePix格式的文件，的InputSource =“readSpot”为现货文件，或的InputSource =“readAgilent”安捷伦格式。默认情况下，的InputSource“设置为”readGPR“。


参数：controlId
Character string. Name of the column of the gpr file used to define controls.
字符串。 GPR文件用来定义控件的列名称。


参数：...
additional arguments
额外的参数


值----------Value----------

A matrix of Quality Control measures, each column representing a different input slide.
一个质量控制措施的矩阵，每一列代表一个不同的输入幻灯片。


作者（S）----------Author(s)----------


Agnes Paquet



参见----------See Also----------

gpQuality, slideQuality, MmReferenceDB, readGPR, readSpot, readAgilent
gpQuality，slideQuality，MmReferenceDB，readGPR，readSpot，readAgilent


举例----------Examples----------


datadir <- system.file("gprQCData", package="arrayQuality")
if (interactive())
reference <- globalQuality(fnames="9Mm137.gpr", path=datadir, organism="Mm")

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