R语言 ArrayExpress包 ArrayExpress()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ArrayExpress(ArrayExpress)
ArrayExpress()所属R语言包：ArrayExpress

                                         R objects from ArrayExpress database
                                         ArrayExpress数据库ŕ对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

ArrayExpress produces an AffyBatch, an ExpressionSet or a NChannelSet from a raw dataset from the ArrayExpress database. ArrayExpress needs an Internet connection.
ArrayExpress生产AffyBatch，ExpressionSet或NChannelSet从原始数据集从ArrayExpress数据库。 ArrayExpress需要一个互联网连接。


用法----------Usage----------


ArrayExpress(input, path = getwd(), save = FALSE, rawcol = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：input
an ArrayExpress identifier. The function currently covers 96% of the raw data sets of the database.
ArrayExpress的标识符。该功能目前覆盖96％的原始数据集的数据库。


参数：path
the name of the directory in which the files downloaded on the ArrayExpress repository will be extracted. The default is the current directory.
ArrayExpress库中下载的文件将被提取的目录的名称。默认是当前目录。


参数：save
if TRUE, the files downloaded from the database will not be deleted from path after executing the function.
如果为TRUE，从数据库中下载的文件将不会被执行的功能后，从路径中删除。


参数：rawcol
by default, for the raw data, the columns are automatically selected according to the scanner type. If the scanner is unknown or if the user wants to use different columns than the default, the argument 'rawcol' can be set. For two colour arrays it must be a list with the fields 'R', 'G', 'Rb' and 'Gb' giving the column names to be used for red and green foreground and background. For one colour arrays, it must be a character string with the column name to be used. These column names must correspond to existing column names of the expression files.
默认情况下，原始数据，自动选择列根据扫描仪类型。如果扫描仪是未知的，或者如果用户要使用不同的列比默认，可以设置参数rawcol“。两种颜色的阵列，它必须是一个领域的“R”的名单，“G”，“铷和GB给列使用的名称为红色和绿色的前景和背景。一个颜色数组，它必须是一个字符串，要使用的列名。这些列名必须符合现有的列名，表达文件。


值----------Value----------

The output is an object of class AffyBatch or  ExpressionSet or  NChannelSet with the raw expression values in the assayData of the object, the information contained in the .sdrf file in the phenoData, the adf file in the featureData and the idf file content in the experimentData.
输出是一个类的对象AffyBatch或ExpressionSet或NChannelSet原始表达式的值与对象assayData的，包含的信息在。sdrf文件的phenoData，ADF文件的featureData IDF文件的内容，在experimentData。

If several array designs are used in the data set, the output is a list with an object for each array design.
如果几个阵列设计使用的数据集，输出的是一个与每个阵列设计的对象名单。


作者（S）----------Author(s)----------



Audrey Kauffmann
Maintainer: <kauffmann@bergonie.org>  




参见----------See Also----------

queryAE, getAE, magetab2bioc, getcolproc,
queryAE，getAE，magetab2bioc，getcolproc


举例----------Examples----------


ETABM25.affybatch = ArrayExpress(input = "E-TABM-25")
print(ETABM25.affybatch)
sampleNames(ETABM25.affybatch)
colnames(pData(ETABM25.affybatch))

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。