R语言 apComplex包 plotComplex()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotComplex(apComplex)
plotComplex()所属R语言包：apComplex

                                        Render complex estimates
                                         渲染复杂的估计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotComplex renders complex estimates from the apComplex algorithm using Rgraphviz.
plotComplex从使用Rgraphviz算法apComplex呈现复杂的估计。


用法----------Usage----------


plotComplex(complexMembers,g,VBs,VPs,geneName=FALSE,baitColor="yellow",preyColor="white",recipLineColor="red",unrecipBBLineColor="blue",unrecipBPLineColor="gray",y="neato")




参数----------Arguments----------

参数：complexMembers
A character vector of proteins composing a complex estimate.
特征向量的蛋白质构成一个复杂的估计。


参数：g
An object of class graph, the full bait-prey graph of AP-MS data used in analysis. complexMembers must be a subset of the node names of g.
一个对象类图，充分诱饵捕食的AP-MS分析中使用的数据图表。 complexMembers必须是g的节点名称的一个子集。


参数：VBs
A vector of viable baits used in the AP-MS experiment.
一个AP-MS实验中使用的可行的诱饵向量。


参数：VPs
A vector of viable prey used in the AP-MS experiment.
一个可行的猎物AP-MS实验中使用的向量。


参数：geneName
A logical indicating whether or not nodes should be plotted with common gene names as labels rather than systematic names.
逻辑表示与否的节点应绘制标签系统的名称，而不是常见的基因名称。


参数：baitColor
Color of bait nodes.
色饵节点。


参数：preyColor
Color of prey nodes.
色猎物节点。


参数：recipLineColor
Color of edges connecting baits which both detected each other as prey </table>
连接诱饵边缘的颜色，这两个发现猎物</表>互相


参数：unrecipBBLineColor
Color of edges connecting baits in which one bait finds the other as prey but not vice versa.
颜色边缘连接诱饵，在其中一个诱饵发现其他猎物，但不反之亦然。


参数：unrecipBPLineColor
Color of edges extending from baits to proteins that were only used as prey, hence reciprocity is not possible.
延长诱饵蛋白作为猎物，只用边的颜色，因此互惠是不可能的。


参数：y
Layout of plot
图布局


Details

详情----------Details----------

This is a simple function for plotting complex estimates resulting from the apComplex algorithm.  Giving the upcoming changes in Rgraphviz, it will likely be changed substantially.
这是一个简单的函数绘制从造成的apComplex算法的复杂估计。给予在Rgraphviz即将到来的变化，它可能会发生重大变化。


值----------Value----------

A plotted graph of the complex estimate subgraph.
一个绘制复杂的估计子图。


作者（S）----------Author(s)----------


Denise Scholtens



参考文献----------References----------

interaction data.  Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 3, Article 39 (2004).
networks.  Bioinformatics 21, 3548-3557 (2005).

参见----------See Also----------

findComplexes
findComplexes


举例----------Examples----------



data(apEX)
data(apEXG)
PCMG2 <- findComplexes(apEX,sensitivity=.7,specificity=.75)
PCMG2sorted <- sortComplexes(PCMG2,apEX)

VBs <- rownames(apEX)
VPs <- setdiff(colnames(apEX),VBs)

plotComplex(PCMG2sorted$MBME[[1]],g=apEXG,VBs=VBs, VPs=VPs)


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