R语言 AnnotationFuncs包 translate()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

translate(AnnotationFuncs)
translate()所属R语言包：AnnotationFuncs

                                        Translate between different identifiers...
                                         之间的转换不同的标识符...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Translate between different identifiers
不同的标识符之间的转换


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：values
Vector of annotations that needs translation. Coerced to character vector.
向量的注释，需要翻译。强制为特征向量。


参数：from
Type of annotation values are given in. NB! take care in the        orientation of the package, ie. if you have RefSeq annotations, use   org.Bt.egREFSEQ2EG or (in some cases) revmap(org.Bt.egREFSEQ).
注释类型values英寸NB的！在包的方向，即照顾。如果你的RefSeq注释，使用org.Bt.egREFSEQ2EG或（在某些情况下）revmap(org.Bt.egREFSEQ)。


参数：to
Desired goal, eg. org.Bt.egENSEMBLPROT. If NULL (default), goal  if the packages primary annotation (eg. entrez gene for org.Bt.eg.db). Throws a warning if the organisms in from and to are not the same.
预期的目标，例如。 org.Bt.egENSEMBLPROT。如果NULL（默认），目标如果包的主要注释（如Entrez的基因org.Bt.eg.db）。抛出一个警告，如果from和to是不一样的有机体。


参数：reduce
Reducing method, either return all annotations (one-to-many relation) or the first or last found annotation. The reducing step is applied   after translating to the goal:        all: returns all annotations        first or last: choose first or last of arbitrarily ordered list.
泻法，要么返回所有注释（一到多的关系），或发现的第一个或最后一个注释。还原步骤后应用转化为目标：all：返回所有注释first或last：首先选择或任意有序列表的最后。


参数：return.list
Logical, when TRUE, returns the translation as a list where names
逻辑，当TRUE，返回列表的地方名称的翻译


参数：remove.missing
Logical, whether to remove non-translated values, defaults TRUE.
逻辑，是否要删除非翻译值，默认TRUE。


参数：simplify
Logical, unlists the result. Defaults to FALSE. Usefull when using translate in  a lapply or sapply.
逻辑，unlists结果。默认为false。有用的时候使用translatelapply或sapply。


参数：...
Additional arguments sent to pickGO if from returns GO set. </table>
额外的参数发送pickGO如果from返回去。 </ TABLE>


Details

详情----------Details----------

Function for translating from one annotation to another, eg. from RefSeq to   Ensemble.  This function takes a vector of annotation values and translates      first to the primary annotation in the Biocore Data Team package (ie. entrez gene identifier for org.Bt.eg.db) and then to the desired product, while removing non-translated annotations    and optionally reducing the result so there is only a one-to-one relation.
翻译从一个到另一个注解的功能，例如。从的RefSeq合奏。此功能需要首先在Biocore数据组包（即Entrez的基因org.Bt.eg.db标识符）的主要注释，然后标注值和转化的向量所需要的产品，同时消除非翻译注释和选择性减少的结果，所以只有一到一的关系。

If you want to do some further mapping on the result, you will have to use either unlist og lapply, where the first returns all the end-products of the first mapping, returning a new list, and the latter produces a list-within-list.
如果你想要做一些进一步的映射结果，你将不得不使用任何unlistOGlapply，其中第一个回报的第一个映射的所有终端产品，并返回一个新的列表，后者产生一个列表内列表。

If from returns GO identifiers (e.g. from = org.Bt.egGO), then the  returned resultset is more complex and consists of several layers of lists instead of  the usual list of character vectors. If to has also been specified, the GO IDs  must be extracted (internally) and you have the option of filtering for evidence and category at this point.
如果from返回去标识符（例如from = org.Bt.egGO），然后返回的结果是更加复杂，包括几层的名单，而不是通常的特征向量列表。 to如果也被指定后，GO标识必须提取（内部），你必须在这一点上的证据和类别过滤选项。


值----------Value----------

List; names of elements are values and the elements are the translated elements,
名单;元素的名称是values“的元素是翻译的元素，


注意----------Note----------

Requires user to deliver the annotation packages such as org.Bt.egREFSEQ.
需要用户提供的注解包，如org.Bt.egREFSEQ。


作者（S）----------Author(s)----------


Stefan McKinnon Edwards <a href="mailto:stefan.hoj-edwards@agrsci.dk">stefan.hoj-edwards@agrsci.dk</a>



参见----------See Also----------

pickRefSeq, pickGO
pickRefSeq，pickGO


举例----------Examples----------


genes <- c(280705, 280706, 100327208)
translate(genes, org.Bt.egSYMBOL)

symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5")
refseq <- translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egREFSEQ)
# Pick the proteins:[挑选的蛋白质：]
pickRefSeq(refseq, priorities=c('NP','XP'), reduce='all')

# If you wanted do do some further mapping on the result from [如果你想从结果上做一些进一步的映射]
# translate, simply use lapply.[翻译，只需使用lapply。]

library(GO.db)
GO <- translate(genes, org.Bt.egGO)
# Get all biological processes:[让所有的生物过程：]
pickGO(GO, category='BP')
# Get all ontologies with experimental evidence:[获取所有的实验证据本体：]

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。