pickRefSeq(AnnotationFuncs)
pickRefSeq()所属R语言包：AnnotationFuncs
Picks a prioritised RefSeq identifier from a list of identifiers...
从标识符列表中挑选一个优先的RefSeq标识符...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Picks a prioritised RefSeq identifier from a list of identifiers
从标识符列表中挑选一个优先的RefSeq标识符
用法----------Usage----------
"first", "last"))
pickRefSeq.mRNA(l)
参数----------Arguments----------
参数：l
Vector or list of RefSeqs accessions to pick from. If list given, applies the prioritation to each element in the list.
向量或RefSeqs加入列表挑。如果列表，列表中的每个元素应用的prioritation。
参数：priorities
Character vector of prioritised prefixes to pick by. Eg. c("NP","NM") returns RefSeqs starting 'NP', and if none found, those starting 'NM'. If no RefSeqs are found according to the priorities, Null is returned, unless the last element in priorities is '*'. Uses grepl, so see these for pattern matching. Default: c('NP','XP','NM','XM')
优先前缀该款的特征向量。例如。 c("NP","NM")返回RefSeqs开始的NP“，如果没有发现，这些”网管“。如果没有RefSeqs被发现的优先事项，则返回Null，除非在优先次序的最后一个元素是*。使用grepl，所以看到这些模式匹配。默认：C的NP“，”XP“，”网管“，”XM的“
参数：reduce
Reducing method, either return all annotations (one-to-many relation) or the first or last found annotation. The reducing step is applied after translating to the goal: all: returns all annotations first or last: choose first or last of arbitrarily ordered list. </table>
泻法，要么返回所有注释（一到多的关系），或发现的第一个或最后一个注释。还原步骤后应用转化为目标：all：返回所有注释first或last：首先选择或任意有序列表的最后。 </ TABLE>
Details
详情----------Details----------
When translating to RefSeq, typically multiple identifiers are returned, referring to different types of products, such as genomic molecule, mature mRNA or the protein, and they can be predicted, properties that can be read from the prefix (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/key.html). E.g. "XM_" is
当翻译的RefSeq，通常多个标识符返回，指的是不同类型的产品，如基因的分子，成熟的mRNA或蛋白质，他们可以预测的，读取属性，可以从前缀上（http://www。 ncbi.nlm.nih.gov /的RefSeq / key.html）。例如“XM_”
值----------Value----------
If vector given, returns vector. If list given, returns list without element where nothing could be picked.
如果向量，返回向量。如果列表，返回列表中没有元素没有什么可挑选的。
作者（S）----------Author(s)----------
Stefan McKinnon Edwards <a href="mailto:stefan.hoj-edwards@agrsci.dk">stefan.hoj-edwards@agrsci.dk</a>
举例----------Examples----------
symbols <- c("SERPINA1","KERA","CD5")
refseq <- translate(symbols, from=org.Bt.egSYMBOL2EG, to=org.Bt.egREFSEQ)
mRNA <- pickRefSeq(refseq, priorities=c('NM','XM'))
proteins <- pickRefSeq(refseq, priorities=c('NP','XP'))
# The same.[相同。]
mRNA <- pickRefSeq.mRNA(refseq)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 11:58:36
