R语言 simone包 cancer()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cancer(simone)
cancer()所属R语言包：simone

                                        Microarray data set for breast cancer
                                         微阵列数据集乳腺癌

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This gene expression data set is freely available, coming from the Hess et al's paper. It concerns one hundred thirty-three patients with stage I–III breast cancer.  Patients were treated with chemotherapy prior to surgery. Patient response to the treatment can be classified as either a pathologic complete response (pCR) or residual disease (not-pCR). Hess et al developed and tested a reliable multigene predictor for treatment response on this data set, composed by a set of 26 genes having a high predictive value.
该基因表达数据集是免费提供的，来自赫斯等人的论文。涉及133与I-III期乳腺癌患者。患者接受化疗手术前。可以归类为病理完全反应（PCR）或残留疾病（未的pCR）的治疗的患者的反应。 Hess等人开发和测试了可靠的多基因的预测治疗反应这样的数据集上，具有较高的预测值，由一组共26个基因组成。

The dataset splits into 2 parts (pCR and not pCR), on which network inference algorithms should be applied independently or in the multitask framework: only individuals from the same classes should be consider as independent and identically distributed.
该数据集分割成2份（PCR和PCR），网络推理算法应单独或在多任务框架：只有从同一个班级的个人应该考虑独立同分布的。


用法----------Usage----------


data(cancer)



格式----------Format----------

A list named cancer comprising two objects:   
的列表命名cancer包括两个对象：

expra data.frame with 26 columns and 133 rows. The nth row gives the expression levels of the 26 identified genes for the nth patient. The columns are named according to the genes.   
exprdata.frame26列和133列。 n个行给出确定的26个基因的表达水平的n个病人。列被命名为根据的基因。

statusa factor of size 133 with 2 levels ("pcr" and "not"), describing the status of the patient.   
status133 2级大小的因素（"pcr"和"not"），描述状态的病人。


参考文献----------References----------

K.R. Hess, K. Anderson, W.F. Symmans, V. Valero, N. Ibrahim, J.A. Mejia, D. Booser, R.L. Theriault, U.  Buzdar, P.J. Dempsey, R. Rouzier, N. Sneige, J.S. Ross, T. Vidaurre, H.L. Gomez, G.N. Hortobagyi, and L. Pustzai (2006). Pharmacogenomic predictor of sensitivity to preoperative chemotherapy with Paclitaxel and Fluorouracil, Doxorubicin, and Cyclophosphamide in breast cancer, Journal of Clinical Oncology, vol. 24(26), pp. 4236–4244.

实例----------Examples----------


## load the breast cancer data set[＃加载乳腺癌数据集]
data(cancer)
attach(cancer)

## histogram of gene expression levels[＃直方图的基因表达水平]
par(mfrow=c(1,2))
hist(as.matrix(expr[status == "pcr",]), main="pCR")
hist(as.matrix(expr[status == "not",]), main="not pCR")

## mean of gene expression levels for pCR and not-pCR[＃平均基因表达水平的pCR和未的pCR]
colMeans( expr[ which( status=="not"), ] )
colMeans( expr[ which( status=="pcr"), ] )
detach(cancer)

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