R语言 SimHap包 summary.hapSurv()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summary.hapSurv(SimHap)
summary.hapSurv()所属R语言包：SimHap

                                        Summarize haplotype analysis models for survival data
                                         总结单倍型分析模型的生存数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summary method for objects of class hapSurv
摘要方法的类的对象的hapSurv


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'hapSurv'
summary(object, ...)
## S3 method for class 'summary.hapSurv'
print(x, digits = max(3, getOption("digits") - 3),
        signif.stars = getOption("show.signif.stars"), ...)




参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class hapSurv, a result of a call to haplo.surv.
类的一个对象hapSurv，其结果，调用haplo.surv。


参数：x
an object of class summary.hapSurv, the result of a call to  <PRE>summary.hapSurv.</PRE>
一个对象的类summary.hapSurv，一个调用到<PRE> summary.hapSurv的结果。</ PRE>


参数：digits
the number of significant digits to use when printing.
打印时所使用的数量显著数字。


参数：signif.stars
logical. If TRUE, &ldquo;significance stars" are printed for each coefficient.
逻辑。如果TRUE，“意义明星”打印每个系数。


参数：...
further arguments passed to or from other methods.
进一步的参数传递给其他方法。


值----------Value----------

summary.hapSurv returns an object of class summary.hapSurv, a list with components
summary.hapSurv返回一个对象，组件类summary.hapSurv“的列表


参数：formula
formula1 passed into haplo.surv.
formula1传递到haplo.surv。


参数：coefficients
summarized results from fitted model, including hazard ratios and p-values.
汇总结果拟合模型，包括风险比和p-值。


参数：empiricalResults
a list containing the hazard ratios, confidence intervals and p-values calculated at each simulation of haplo.surv.
一个列表，其中包含的风险比，置信区间和p-值计算在每个模拟haplo.surv。


参数：rsquared
r-squared values for the model including haplotypes and the model excluding haplotypes.
R平方值的模型，包括单倍型和模型不包括单倍型。


参数：LRT
a likelihood ratio test, testing for significant improvement of the model when haplotypic parameters are included.
似然比检验，显着改善的模型进行测试时，单倍型参数。


参数：Wald
The Wald test for overall significance of the fitted model.
的Wald检验整体拟合模型的意义。


参数：effect
the haplotypic effect modelled: "ADDITIVE", "DOMINANT" or "RECESSIVE".
单倍型效应建模：“添加剂”，“显性”或“隐性”。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

haplo.surv
haplo.surv


实例----------Examples----------



data(SNPsurv.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos]
survHaplo.dat <- SNP2Haplo(SNPsurv.dat)

data(survPheno.dat)

# generate haplotype frequencies and haplotype design matrix[产生单倍型频率和单倍型设计矩阵]
myinfer<-infer.haplos(survHaplo.dat)

# print haplotype frequencies generated by infer.haplos[打印单倍型频率所产生的infer.haplos]
myinfer$hap.freq
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.surv(formula1=Surv(time, status)~age+h.V1AA,
        formula2=Surv(time, status)~age, haplo=myhaplo,
        pheno=survPheno.dat, sim=10)
summary(mymodel)


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