R语言 SimHap包 SNP2Geno()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SNP2Geno(SimHap)
SNP2Geno()所属R语言包：SimHap

                                        Convert biallelic SNP data to genotype count data
                                         双等位基因的SNP数据转换基因型计数数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Converts biallelic SNP data to the format required by SNP analysis functions
双等位基因的SNP数据转换的格式所要求的SNP分析功能


用法----------Usage----------


SNP2Geno(geno, baseline)



参数----------Arguments----------

参数：geno
A data frame containing biallelic SNP data. The first column should contain a subject identifier. The remaining columns should each represent a biallelic SNP, containing two alleles per entry with no separator.
一个数据框包含双等位基因的SNP数据。第一列应该包含一个主题的标识符。其余列各代表一个双等位基因的SNP，不带分隔符的含有两个等位基因每个条目的。


参数：baseline
A vector of character strings representing the 'wildtype' genotype.
一个向量代表“野生基因型的字符串。


Details

详细信息----------Details----------

SNP2Geno uses baseline to recode biallelic SNP data into a series of columns representing genotype counts under additive, dominant and recessive models. The genotype specified as the wildtype will always be recoded as 0. Under an additive model, the heterozygote is recoded as 1 and the minor homozygote is recoded as 2. Under a dominant model, both the heterozygote and minor homozygote are recoded as 1, and under a recessive model, the heterozygote is recoded as 0 and the minor homozygote is coded as 1.
SNP2Geno使用baseline双等位基因的SNP数据重新编码成一系列的列代表基因型项下添加剂，显性和隐性模型。指定为野生型的基因型将总是被重新编码为0。杂合子在添加剂模型，重新编码为1，未成年人纯合子重新编码为2。显性模型下，杂合子和轻微的纯合子被重新编码为1，下一个隐性模型被重新编码为0，杂合子和未成年人的纯合子被编码为1。


值----------Value----------

SNP2Geno returns a data frame whose first column is a subject identifier. The remaining columns comprise 3 per SNP where the first is recoded under an additive model, the second is recoded under a dominant model and the third is recoded under a recessive model.
SNP2Geno返回一个数据框的第一列是一个主题标识符。其余的列的3个SNP，其中第一个被重的添加剂模型下，第二个是一个占主导地位的模式下重新编码，三是重新编码的隐性模式下。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参见----------See Also----------

SNP2Haplo
SNP2Haplo


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))


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