R语言 SimHap包 SNP.dat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SNP.dat(SimHap)
SNP.dat()所属R语言包：SimHap

                                        Example genotypic data
                                         例基因型数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

SNP.dat is an example genotypic data set containing single nucleotide polymorphism (SNP) genotypes.
SNP.dat基因型数据集，其中包含单核苷酸多态性（SNP）的基因型是一个例子。


用法----------Usage----------


data(SNP.dat)



格式----------Format----------

A data frame with 180 observations on the following 5 variables.
180以下5个变量的观察与数据框。




ID patient identifier.
ID病人的标识符。




SNP_1 a SNP vector containing biallelic SNP genotypes.
SNP_1一个的SNP向量双等位基因的SNP基因型。




SNP_2 a SNP vector containing biallelic SNP genotypes.
SNP_2一个的SNP向量双等位基因的SNP基因型。




SNP_3 a SNP vector containing biallelic SNP genotypes.
SNP_3一个的SNP向量双等位基因的SNP基因型。




SNP_4 a SNP vector containing biallelic SNP genotypes.
SNP_4一个的SNP向量双等位基因的SNP基因型。


Details

详细信息----------Details----------

Simulated SNP data for use with pheno.dat
模拟SNP的数据使用pheno.dat


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# transforms SNP.dat to an object containing 3 columns[转换到一个对象，它包含3列的SNP.dat]
# per SNP - additive, dominant and recessive, where genotypes[每个SNP  - 添加剂，显性和隐性的，其中基因型]
# defined in 'baseline' serve as the baseline genotypes[中定义的“基线”作为基线基因型]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))

data(pheno.dat)
mymodel <- snp.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat)
summary(mymodel)


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