R语言 SimHap包 make.haplo.rare()函数中文帮助文档(中英文对照)

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make.haplo.rare(SimHap)
make.haplo.rare()所属R语言包：SimHap

                                        Group rare haplotypes together
                                         集团罕见的单倍型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

make.haplo.rare groups haplotypes with frequencies below a specified threshold together and processes data into a format compatible with the haplotype analysis functions
make.haplo.rare组单倍型频率低于指定的阈值和处理数据的单倍型的分析功能兼容的格式


用法----------Usage----------


make.haplo.rare(infer.object, min.freq)



参数----------Arguments----------

参数：infer.object
result of a call to infer.haplos.
结果的呼叫infer.haplos。


参数：min.freq
minimum frequency of haplotypes to include in analysis. Haplotype with a frequency below this value will be grouped together in a group called "rare".
包括在分析中的单倍型的最小频率。单倍型频率低于这个值将被组合在一起的一组被称为“罕见”。


值----------Value----------


参数：hapData
A data frame containing all haplotype configurations and their posterior probabilities for each individual, grouping rare haplotypes into a category called "rare".
一个数据框包含所有单倍型配置及其后验概率的每一个人，将罕见的单倍型为一类被称为“罕见”。


参数：hapObject
A list containing the original haplotype information for each individual as well as haplotype frequency tables
一个列表，其中包含原来的单倍型为每一个人的信息以及单倍型频率表


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

infer.haplos
infer.haplos


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos]
haplo.dat <- SNP2Haplo(SNP.dat)

data(pheno.dat)

# generate haplotype frequencies and haplotype design matrix[产生单倍型频率和单倍型设计矩阵]
myinfer<-infer.haplos(haplo.dat)

# print haplotype frequencies generated by infer.haplos[打印单倍型频率所产生的infer.haplos]
myinfer$hap.freq

# generate haplo object where haplotypes with a frequency [单倍型的频率产生单倍体对象]
# below min.freq are grouped as a category called "rare"[下面min.freq分为一类被称为“罕见”]
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+h.N1AA, formula2=HDL~AGE+SBP,
        pheno=pheno.dat, haplo=myhaplo, sim=10)



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