R语言 simba包 trudi()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

trudi(simba)
trudi()所属R语言包：simba

                                         Calculate true diversity of any order
                                         计算真正的多样化的任何命令

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the gamma, alpha and beta components of true species diversity of a species x sites matrix.
真正的物种多样性的物种X网站矩阵计算的γ，α和β组成部分。


用法----------Usage----------


trudi(mat, q = 0, weights = TRUE, base = exp(1))



参数----------Arguments----------

参数：mat
Vegetation data. Sites x species matrix. May be binary or quantitative data.  
植被数据。点X种矩阵。可以是二进制或定量数据。


参数：q
The order of the diversity. Defaults to 0 which means that rare species have more emphasis. With q = 1 all species contribute exactly according to their relative abundance. For details see references.  
的分集的顺序。默认为0，这意味着珍稀物种有更多的重视。随着q = 1的所有物种的贡献，完全根据自己的相对丰度。有关详细信息，请参阅参考资料。


参数：weights
Logical. Shall the contribution of the sites to the total abundances in the dataset be acknowledged? Per default it is done so (see Tuomisto 2010a,b for details)  
逻辑。网站的总丰度的数据集的贡献应得到承认吗？每默认情况下，它是这样做的（见Tuomisto 2010A，B）


参数：base
Internally the logarithm of a term is calculated (like in Shannon index) and here it is possible to change the base of that logarithm.  
内部的对数计算的一个术语（如在Shannon指数），在这里它是可以改变的基础上，对数。


Details

详细信息----------Details----------

In recent years there has been an intense debate about the calculation of species diversity from vegetation data. Jost (2006) brought the fairly old concept of Hill's (1973) effective number of species back into the debate and elucidated the important difference between entropy and diversity. Combined with the scales concept of Whittaker (alpha, beta, gamma; Jurasinski & Koch 2011) the apologists of strict diversity definition coined the term "true diversity".
近年来，一直是激烈辩论的物种多样性，植被数据的计算。约斯特（2006年）的辩论带来了相当老山（1973）的有效种数的概念，阐明熵和多样性之间的重要区别。结合的尺度惠特克（α，β，γ，2011年Jurasinski＆Koch公司）的辩护严格的多样性创造了“真正的多样性”的定义的概念。

The function calculates true diversity components for alpha, beta, and gamma.   
该函数计算真正的多样性成分为α，β，γ。


值----------Value----------

Returns a named vector with the values for gamma, beta, and alpha diversity.
返回的命名向量为γ，β，α多样性的价值观。


（作者）----------Author(s)----------


Gerald Jurasinski <a href="mailto:gerald.jurasinski@uni-rostock.de">gerald.jurasinski@uni-rostock.de</a>



参考文献----------References----------

consequences. Ecology 54:427鈥