R语言 SigWinR包 SigWin()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SigWin(SigWinR)
SigWin()所属R语言包：SigWinR

                                        Significant window detector in sequences
                                         在序列的显着的窗口检测器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate significant local changes in a sequence of data.  The function tests the input sequence against the null hypothesis that  the value in the sequence does not depend on position.  The function produces p-values for the probability that the sequence is  locally higher or lower than average for all possible positions for a given window size.  The p-value is corrected for multiple testing using a method of choice.
计算在一个序列中的数据的显着的本地更改。功能测试输入序列与零假设的价值不依赖于序列中的位置。函数产生的概率，该序列是局部比平均水平更高或更低的可用于所有可能的位置对于一个给定的窗口大小的p-值。的p值被校正的多个测试，使用的方法给出。

Two variants of SigWin are implemented: one for simple ordered sequences without location information , and a second for a sequence of localized samples (for example expression measurements at known positions on a chromosome).
两个变种SigWin实现：一个简单的有序序列，没有位置信息，并为一个序列的本地化的样品（例如，表达测量在一条染色体上的已知位置处）的第二。


用法----------Usage----------


SigWin(s,window.size,pos=NULL,antiRidge=FALSE,adjust.method="BH",circular=FALSE,resolution=400)



参数----------Arguments----------

参数：s
sequence of numeric data
数字数据序列


参数：window.size
size of window to use. For non localized (pos=NULL) sequences the  window size is in sequence elements. For localized data the winow size is relative  to the location values given in the pos parameter
要使用的窗口的大小。对于非本地化（pos=NULL）序列窗口的大小是在序列中的元素。 ，本地化数据winow大小是相对于给定的在pos参数中的位置值


参数：pos
optional sequence of sample location data
取样位置数据序列（可选）


参数：antiRidge
look for positive (antiRidge=FALSE) or negative deviations (antiRidge=TRUE).
寻找积极（antiRidge = FALSE）或负偏差（antiRidge = TRUE）。


参数：adjust.method
method for multiple testing correction (see p.adjust for valid options).
多重检验校正方法（见p.adjust有效的选项）。


参数：circular
Assume the sequence is circular. If set to TRUE the window can extend  over the edges of the sequence into the other ende of the sequence.
假设序列是循环的。如果设置为TRUE窗口可以扩展到的序列的边缘成其他恩德序列。


参数：resolution
resolution of SigWin calculation for localized sequences. Value is ignored for calculations without location data  
分辨率本地化的序列SigWin计算的。没有位置数据的计算值将被忽略


值----------Value----------

A sequence containing the p-values corrected for multiple testing. For simple non localized sequences the length of the output sequence is the length of the input sequence plus one minus the window size. For localized sequences the length of the output is equal to the resolution parameter.
序列含有的p值，校正多个测试。对于简单的非本地化的序列的输出序列的长度是输入序列的长度加一减去窗口的大小。对于本地化的序列的长度的输出是相等的分辨率参数。


注意----------Note----------

This function can be used for purposes where Rigeogram is not needed or wanted such as long  sequences. To generate a ridgeogram the Ridgeogram function is faster than repeated calls to  SigWin using a range of window sizes.
此功能可用于其中Rigeogram无需或通缉如长序列的目的。要生成的Ridgeogram功能的速度比重复调用SigWin使用范围的窗口大小的一个ridgeogram。


（作者）----------Author(s)----------


w.c.deleeuw@uva.nl



参考文献----------References----------

enriched windows of genomic features related to DNA sequences Marcia A Inda, Marinus F van Batenburg, Marco Roos, Adam SZ Belloum,  Dmitry Vasunin, Adianto Wibisono, Antoine HC van Kampen, and Timo M Breit

参见----------See Also----------

Ridgeogram
Ridgeogram


实例----------Examples----------



lseq <- c(rnorm(200),rnorm(100,-1),rnorm(50),rnorm(50,4.0),rnorm(100))
plot((lseq-min(lseq))/(max(lseq)-min(lseq)),t="l")
lines(18length(lseq)-17),SigWin(lseq,35),t="l",col="green")
lines(18length(lseq)-17),SigWin(lseq,35,antiRidge=TRUE),t="l",col="red")

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