build.target(SHIP)
build.target()所属R语言包:SHIP
Creating a covariance target, optionally by using information from KEGG pathways.
创建的协方差目标,可以选择使用KEGG通路的信息。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function build.target() is a wrapper function to build the various types of covariance targets (D,F,G,Gpos,Gstar,cor).
的功能build.target()是一个包装函数来建立不同类型的协方差目标(D,F,G,GPOS,GSTAR,肺心病)。
用法----------Usage----------
build.target(x, genegroups = NULL, type)
参数----------Arguments----------
参数:x
An n x p matrix.
n x p矩阵。
参数:genegroups
List of the groups each gene belongs to: each entry of the list is dedicated to a gene (identified the same way as in x). Each item of the list is thus a vector of pathway IDs.
每个基因属于的组列表:列表中的每个条目是专门的基因(已确定的相同的方式在x)。因此,每个资料的列表是一个向量的通路的ID。
参数:type
Character string specifying the wished target: "D" for a diagonal target, "cor" for a correlation target, "G", "Gpos" and "Gstar" for a G-type target (see Jelizarow et al, 2010) and "F" for a F-target.
字符的字符串指定的希望的目标:“D”表示的对角的目标,“心病”的相关目标,“G”,“GPOS”和“GSTAR”的G型靶(见Jelizarow等人,2010)和“ F“的F-目标。
值----------Value----------
A p x p target covariance matrix of a certain type.
Ap x p目标的协方差矩阵的某一类型。
(作者)----------Author(s)----------
Vincent Guillemot
参考文献----------References----------
M. Jelizarow, V. Guillemot, A. Tenenhaus, K. Strimmer, A.-L. Boulesteix, 2010. Over-optimism in bioinformatics: an illustration. Bioinformatics. Accepted.
参见----------See Also----------
targetCor, targetD, targetF, targetG, targetGpos, targetGstar,.
targetCor,targetD,targetF,targetG,targetGpos,targetGstar“。
实例----------Examples----------
# Simulate dataset[模拟数据集]
x <- matrix(rnorm(20*30),20,30)
# Try different targets[尝试不同的目标]
build.target(x,type="D")
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