R语言 seriation包 hmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

hmap(seriation)
hmap()所属R语言包：seriation

                                        Plot heat map reordered by different algorithms
                                         重新排序不同的算法，绘制热图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Provides several reordered versions of heat map including dendrogram based reordering with optimal leaf order and matrix seriation based heat maps.
提供了多种的重新排序的版本，包括聚类分析的重排与最佳叶位和基于矩阵系列化的热图热图。


用法----------Usage----------


hmap(x, distfun = dist, hclustfun = hclust,
    method = NULL, control = NULL, options = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a matrix.
一个矩阵。


参数：distfun
function used to compute the distance (dissimilarity) between both rows and columns (default: dist).
函数用来计算行和列（默认值之间的距离（不同）：dist“）。


参数：hclustfun
function used for hierarchical clustering. If hclustfun = NULL, no hierarchical clustering in performed and matrix based seriation is performed to reorder rows and columns for the heat map.
函数用于层次聚类。如果hclustfun = NULL，没有层次聚类和矩阵的系列化的热图的行和列进行重新排序。


参数：method
a character strings indicating the used seriation algorithm  (see seriate.dist for dendrogram seriation and  for matrix based seriation).
一个字符串，表示所使用的的系列化算法（seriate.dist系列化聚类分析和矩阵的系列化）。


参数：control
a list of control options passed on to the seriation  algorithm.
的控制选项的列表传递的系列化算法。


参数：options
a list with arguments for plotting. The following arguments are possible:   
一个列表，用于绘制的参数。下列参数：

maintitle for the plot.
main标题的图。

colcolors used for the  plot (default: gray colors).    For matrix based seriation (hclustfun = NULL), the following additional arguments are possible:   
col的用于积的颜色（默认：灰色）。矩阵的系列化（hclustfun = NULL），下列附加参数是可能的：

gpan object of class gpar containing graphical parameters (see gpar in package grid).
gp类的一个对象gpar包含图形参数（见gpar在包grid）。

newpagea logical indicating  whether to start plot on a new page (see gpar in package grid).  
newpage逻辑表示是否启动一个新的页面（见图gpar在包grid）。

propa logical indicating whether the height and width of x should be plotted proportional to its dimensions.   
prop逻辑指示是否x的高度和宽度应绘制它的尺寸成比例。


参数：...
further arguments. For dendrogram based heat maps the  arguments are passed on to heatmap in stats (Note that the following arguments cannot be used: Rowv, Colv, distfun, hclustfun, reorderfun, scale).
进一步的论据。聚类分析的热图的参数被传递到heatmap中stats（注意：不能使用以下参数：Rowv, Colv, distfun, hclustfun, reorderfun, scale）。

For dendrogram = FALSE further arguments are used as  options (see above).
dendrogram = FALSE进一步的论据作为options（见上文）。


Details

详细信息----------Details----------

For dendrogram = TRUE, seriate.hclust  with the default method "optimal" is used for arranging the dendrograms and x. heatmap is used for plotting.
对于dendrogram = TRUE，seriate.hclust默认的方法"optimal"用于安排树状图和x。 heatmap用于绘制。

For dendrogram = FALSE, seriate.dist  with the default method "tsp" (a traveling salesperson solver) for arranging x is used. grid code implemented in this package  is used to produce the plot.
对于dendrogram = FALSE，seriate.dist的默认方法"tsp"（推销员解算器）安排x的使用。 grid在此包中的实现代码是用于生产的图。

Note that unlike the default behavior of heatmap,  scaling is not automatically applied. The data have to be scaled before using hmap.
请注意，不像heatmap的默认行为，缩放不会自动应用。使用前hmap数据必须进行调整。


值----------Value----------

An invisible list with elements:  <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>rowInd, colInd</td> <td> index permutation vectors.</td></tr> <tr valign="top"><td>reorder_method</td> <td> name of the method used to reorder the matrix.</td></tr>
无形的元素列表：<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD>rowInd, colInd </ TD> <TD>指数排列向量。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> reorder_method </ TD> <TD>所采用的方法重新排列矩阵的名称。</ TD> </ TR>

</table> For dendrogram = TRUE the list can contain additional elements  (see heatmap for details).
</ TABLE> dendrogram = TRUE列表中可以包含其他元素（见heatmap）。


参见----------See Also----------

seriate.dist and
seriate.dist


实例----------Examples----------


data("Zoo")
x <- as.matrix(Zoo[, -17])
x <- scale(x, center = FALSE)

## optimally reordered heatmap[＃最佳重新排序的热图]
hmap(x)

## heatmap with seriated distance matrices[＃系列化的距离矩阵的热图]
hmap(x, hclustfun = NULL)

## with proportional display[＃比例显示]
hmap(x, hclustfun = NULL, options = list(prop = TRUE,
    main = "Zoo Data"))

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