R语言 seqRFLP包 plotenz()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotenz(seqRFLP)
plotenz()所属R语言包：seqRFLP

                                        Plotting the simulated RFLP or TRFLP pattern
                                         绘制模拟RFLP或TRFLP的模式，

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plotting the simulated RFLP or TRFLP pattern using selected restriction enzymes.
绘制模拟RFLP或TRFLP的模式，使用选定的限制性内切酶。


用法----------Usage----------


plotenz(sequences, enznames, enzdata, side = TRUE, type = c("RFLP", "TRFLP"), Terminal = c("T5", "T3"))



参数----------Arguments----------

参数：sequences
The input data in class fasta containing the DNA sequences.
中的输入数据类fasta包含的DNA序列。


参数：enznames
The speciefied restriction enzyme names to be applied in RFLP or TRFLP analysis.
被应用在RFLP或TRFLP分析的speciefied限制酶名。


参数：enzdata
The dataframe contained enzyme data.
数据框含有酶的数据。


参数：side
Whether to plot the markers for each sequence. Default is TURE which means to plot the marker only once.
是否要绘制的每个序列的标记。默认是的TURE这意味着只有一次绘制标记。


参数：type
Pattern type to be specified, should be either "RFLP" or "TRFLP".
图案类型被指定，应该是是"RFLP"或"TRFLP"。


参数：Terminal
Terminal noted in "TRFLP" analysis, should be either "T3" or "T5".
终端在"TRFLP"分析，指出应该是"T3"或"T5"。


Details

详细信息----------Details----------

If type = "TRFLP" (The "TRFLP" were selected), the Terminal must also been provided by the user, it's value is either "T3" or "T5".
如果type = "TRFLP"（"TRFLP"被选中），Terminal还必须提供由用户，它的值是“T3”或“T5”。


值----------Value----------

Returns the plot of simulated RFLP or TRFLP.
返回模拟RFLP或TRFLP的图。


（作者）----------Author(s)----------



Qiong Ding <a href="mailto:dingqiong1@gmail.com">dingqiong1@gmail.com</a>




参考文献----------References----------

None.

参见----------See Also----------

See Also frag.dat for the summary of RFLP results.
请参见frag.datRFLP结果的总结。


实例----------Examples----------



## plotenz() example[：＃plotenz（）的例子]

data(enzdata)
data(fil.phy)
fas <- ConvFas(fil = fil.phy, type = "phy")

enznames <- c("EcoRI", "Acc65I", "HinfI")

plotenz(sequences = fas, enznames = enznames,
        enzdata = enzdata, side = TRUE, type = "RFLP")
               
plotenz(sequences = fas, enznames = enznames,
        enzdata = enzdata, side = FALSE, type = "RFLP")               
                               
plotenz(sequences = fas, enznames = enznames,
        enzdata = enzdata, side = TRUE, type = "TRFLP", "T3")
               
               

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