R语言 seqinr包 translate()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

translate(seqinr)
translate()所属R语言包：seqinr

                                         Translate nucleic acid sequences into proteins
                                         翻译成蛋白质的核酸序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function translates nucleic acid sequences into the corresponding  peptide sequence. It can translate in any of the 3 forward or three  reverse sense frames. In the case of reverse sense, the reverse-complement  of the sequence is taken. It can translate using the standard (universal)  genetic code and also with non-standard codes. Ambiguous bases can also be handled.
这个函数转换成相应的肽序列的核酸序列。它可以在任何3向前或三个反向感帧翻译。以反向感的情况下，采取的序列的反补。它可以翻译使用标准（通用）的遗传代码，并与非的标准代码。暧昧的碱基，也可以处理。


用法----------Usage----------


translate(seq, frame = 0, sens = "F", numcode = 1, NAstring = "X", ambiguous = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：seq
the sequence to translate as a vector of single characters in lower case letters.  
序列翻译作为向量的单个字符的小写字母。


参数：frame
Frame(s) (0,1,2) to translate. By default the frame 0 is used.  
帧（S）（0,1,2）翻译。默认情况下，框架0使用。


参数：sens
Sense to translate: F for forward sense and R for reverse sense.  
意义的翻译：F前进感和R反向意义的。


参数：numcode
The ncbi genetic code number for translation. By default the standard genetic code is used.  
NCBI的遗传密码翻译。默认情况下，标准的遗传密码使用。


参数：NAstring
How to translate amino-acids when there are ambiguous bases in codons.  
如何翻译时，有暧昧碱基，在密码子的氨基酸。


参数：ambiguous
If TRUE, ambiguous bases are taken into account so that for instance GGN is translated to Gly in the standard genetic code.  
如果是TRUE，考虑暧昧碱基，例如GGN被翻译成甘氨酸在标准的遗传密码。


Details

详细信息----------Details----------

The following genetic codes are described here. The number preceding each code  corresponds to numcode.
此处所描述的遗传密码。每个代码前的数对应到numcode。




1  standard
1个标准




2  vertebrate.mitochondrial
2 vertebrate.mitochondrial




3  yeast.mitochondrial
3 yeast.mitochondrial




4  protozoan.mitochondrial+mycoplasma
4 protozoan.mitochondrial +支原体




5  invertebrate.mitochondrial
5 invertebrate.mitochondrial




6  ciliate+dasycladaceal
6纤毛虫+ dasycladaceal




9  echinoderm+flatworm.mitochondrial
9棘皮类+ flatworm.mitochondrial




10  euplotid
10 euplotid




11  bacterial+plantplastid
11细菌+ plantplastid的




12  alternativeyeast
12 alternativeyeast




13  ascidian.mitochondrial
13 ascidian.mitochondrial




14  alternativeflatworm.mitochondrial
14 alternativeflatworm.mitochondrial




15  blepharism
15 blepharism




16  chlorophycean.mitochondrial
16 chlorophycean.mitochondrial




21  trematode.mitochondrial
21 trematode.mitochondrial




22  scenedesmus.mitochondrial
22 scenedesmus.mitochondrial




23  hraustochytrium.mitochondria
23 hraustochytrium.mitochondria


值----------Value----------

translate returns a vector of single characters containing the peptide sequence in  the standard one-letter IUPAC code. Termination (STOP) codons are translated by  the character '*'.
translate返回一个向量含有肽序列的单个字符，一个字母的标准IUPAC代码。终止（STOP）密码子翻译的字符“*”。


（作者）----------Author(s)----------


D. Charif, J.R. Lobry



参考文献----------References----------

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c .  Last update October 05, 2000.<br> The IUPAC one-letter code for aminoacids is described at:  http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/AminoAcid/


参见----------See Also----------

Use tolower to change upper case letters into lower case letters. For coding sequences obtained from an ACNUC server with query it's better to use the function getTrans so that the relevant genetic code and the relevant frame are automatically used. The genetic codes are given in the object SEQINR.UTIL, a more human readable form is given by the function tablecode.
使用tolower改变大写字母为小写字母。获得的ACNUC服务器的编码序列query使用的功能getTrans“这样的有关遗传代码和相应帧被自动使用。对象SEQINR.UTIL，更人性化的功能tablecode可读的形式给出了遗传密码。


实例----------Examples----------


##[＃]
## Toy CDS example invented by Leonor Palmeira:[＃玩具CDS例如发明的莱昂诺尔帕尔梅拉：]
##[＃]
toycds <- s2c("tctgagcaaataaatcgg")
translate(seq = toycds) # should be c("S", "E", "Q", "I", "N", "R")[应该是c（“S”，“E”，“Q”，“I”，“N”，“R”）]
##[＃]
## Toy CDS example with ambiguous bases:[＃玩具的CDS的例子与暧昧碱基：]
##[＃]
toycds2 <- s2c("tcngarcarathaaycgn")
translate(toycds2) # should be c("X", "X", "X", "X", "X", "X")[应该是c（“X”，“X”，“X”，“X”，“X”，“X”）]
translate(toycds2, ambiguous = TRUE) # should be c("S", "E", "Q", "I", "N", "R")[应该是c（“S”，“E”，“Q”，“I”，“N”，“R”）]
translate(toycds2, ambiguous = TRUE, numcode = 2) # should be c("S", "E", "Q", "X", "N", "R")[应该是c（“S”，“E”，“Q”，“X”，“N”，“R”）]
##[＃]
## Real CDS example:[＃实时CDS例如：]
##[＃]
realcds <- read.fasta(file = system.file("sequences/malM.fasta", package ="seqinr"))[[1]]
translate(seq = realcds)
# Biologically correct, only one stop codon at the end[生物正确的，只是在最后一个终止密码子]
translate(seq = realcds, frame = 3, sens = "R", numcode = 6)
# Biologically meaningless, note the in-frame stop codons[生物意义的，注意在框的终止密码子]

## Not run: [＃不运行：]
## Need internet connection.[需要互联网连接。]
## Translation of the following EMBL entry:[翻译以下EMBL项：]
##[＃]
## FT   CDS             join(complement(153944..154157),complement(153727..153866),[＃FT CDS连接（补充（153944 .. 154157），补（153727 .. 153866），]
## FT                   complement(152185..153037),138523..138735,138795..138955)[＃FT补（152185 .. 153037），138523 .. 138735,138795 ...... 138955）]
## FT                   /codon_start=1[＃FT / codon_start的= 1]
## FT                   /db_xref="FLYBASE:FBgn0002781"[＃FT / db_xref的=的“果蝇Drosophila：FBgn0002781”]
## FT                   /db_xref="GOA86B86"[＃FT / db_xref的“GOA：Q86B86”]
## FT                   /db_xref="TrEMBL86B86"[＃FT / db_xref的“TrEMBL的Q86B86”]
## FT                   /note="mod(mdg4) gene product from transcript CG32491-RZ;[＃FT /注= MOD（千年发展目标4）成绩单CG32491-RZ基因产物;]
## FT                   trans splicing"[＃FT反式剪接“]
## FT                   /gene="mod(mdg4)"[＃FT /基因= MOD（千年发展目标4）]
## FT                   /product="CG32491-PZ"[＃FT /产品=“CG32491-PZ”]
## FT                   /locus_tag="CG32491"[＃FT / locus_tag的“CG32491”]
## FT                   /protein_id="AAO41581.1"[＃FT / protein_id的的“AAO41581.1”]
## FT                   /translation="MADDEQFSLCWNNFNTNLSAGFHESLCRGDLVDVSLAAEGQIVKA[＃FT /翻译=“MADDEQFSLCWNNFNTNLSAGFHESLCRGDLVDVSLAAEGQIVKA]
## FT                   HRLVLSVCSPFFRKMFTQMPSNTHAIVFLNNVSHSALKDLIQFMYCGEVNVKQDALPAF[＃FT HRLVLSVCSPFFRKMFTQMPSNTHAIVFLNNVSHSALKDLIQFMYCGEVNVKQDALPAF]
## FT                   ISTAESLQIKGLTDNDPAPQPPQESSPPPAAPHVQQQQIPAQRVQRQQPRASARYKIET[＃FT ISTAESLQIKGLTDNDPAPQPPQESSPPPAAPHVQQQQIPAQRVQRQQPRASARYKIET]
## FT                   VDDGLGDEKQSTTQIVIQTTAAPQATIVQQQQPQQAAQQIQSQQLQTGTTTTATLVSTN[＃FT VDDGLGDEKQSTTQIVIQTTAAPQATIVQQQQPQQAAQQIQSQQLQTGTTTTATLVSTN]
## FT                   KRSAQRSSLTPASSSAGVKRSKTSTSANVMDPLDSTTETGATTTAQLVPQQITVQTSVV[＃FT KRSAQRSSLTPASSSAGVKRSKTSTSANVMDPLDSTTETGATTTAQLVPQQITVQTSVV]
## FT                   SAAEAKLHQQSPQQVRQEEAEYIDLPMELPTKSEPDYSEDHGDAAGDAEGTYVEDDTYG[＃FT SAAEAKLHQQSPQQVRQEEAEYIDLPMELPTKSEPDYSEDHGDAAGDAEGTYVEDDTYG]
## FT                   DMRYDDSYFTENEDAGNQTAANTSGGGVTATTSKAVVKQQSQNYSESSFVDTSGDQGNT[＃FT DMRYDDSYFTENEDAGNQTAANTSGGGVTATTSKAVVKQQSQNYSESSFVDTSGDQGNT]
## FT                   EAQVTQHVRNCGPQMFLISRKGGTLLTINNFVYRSNLKFFGKSNNILYWECVQNRSVKC[＃FT EAQVTQHVRNCGPQMFLISRKGGTLLTINNFVYRSNLKFFGKSNNILYWECVQNRSVKC]
## FT                   RSRLKTIGDDLYVTNDVHNHMGDNKRIEAAKAAGMLIHKKLSSLTAADKIQGSWKMDTE[＃FT RSRLKTIGDDLYVTNDVHNHMGDNKRIEAAKAAGMLIHKKLSSLTAADKIQGSWKMDTE]
## FT                   GNPDHLPKM"[＃FT GNPDHLPKM“]
choosebank("emblTP")
query("trans", "N=AE003734.PE35")
getTrans(trans$req[[1]])
## Complex transsplicing operations, the correct frame and the correct [＃复杂的转拼的操作，正确的框架和正确]
## genetic code are automatically used for translation into protein.[＃遗传密码被自动翻译成蛋白质。]

## End(Not run)[＃（不执行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。