R语言 seqinr包 reverse.align()函数中文帮助文档(中英文对照)

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reverse.align(seqinr)
reverse.align()所属R语言包：seqinr

                                         Reverse alignment - from protein sequence alignment to nucleic sequence alignment
                                         反向调整 - 从蛋白质序列比对核酸序列比对

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function produces an alignment of nucleic protein-coding sequences, using as a guide the alignment of the corresponding protein sequences.
此函数产生取向的核酸的蛋白质编码序列，作为指南使用对准的相应的蛋白质序列。


用法----------Usage----------


reverse.align(nucl.file, protaln.file, input.format = 'fasta', out.file,
  output.format = 'fasta', align.prot = FALSE, numcode = 1,
  clustal.path = NULL, forceDNAtolower = TRUE, forceAAtolower = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：nucl.file
A character string specifying the name of the FASTA format file containing the nucleotide sequences.  
甲指定含有的碱基序列的FASTA格式的文件的名称的字符串。


参数：protaln.file
A character string specifying the name of the file containing the aligned protein sequences. This argument must be provided if align.prot is set to FALSE.  
一个字符的字符串指定的名称的文件，其中包含对准的蛋白质序列。该参数必须提供，如果align.prot设置为FALSE。


参数：input.format
A character string specifying the format of the protein alignment file : 'mase', 'clustal', 'phylip', 'fasta' or 'msf'.   
指定蛋白质对应文件的格式：“马斯，CLUSTAL，的PHYLIP，fasta格式或”MSF“的字符的字符串。


参数：out.file
A character string specifying the name of the output file.  
一个字符串，指定输出文件的名称。


参数：output.format
A character string specifying the format of the output file. Currently the only implemented format is 'fasta'.  
一个字符串，指定输出文件的格式。目前只实现格式是“FASTA。


参数：align.prot
Boolean. If TRUE, the nucleic sequences are translated and then the protein sequences are aligned with the ClustalW program. The path of the ClustalW binary must also be given (clustal.path)  
布尔值。如果是TRUE，核酸序列翻译的蛋白质序列，然后与CLUSTALW程序。 clustalw的二进制的路径也必须给予（clustal.path）


参数：numcode
The NCBI genetic code number for the translation of the nucleic sequences. By default the standard genetic code is used.
在NCBI的遗传码数为翻译的核酸序列。默认情况下，标准的遗传密码使用。


参数：clustal.path
The path of the ClustalW binary. This argument only needs to be setif align.prot is TRUE.  
的clustalw的二进制文件的路径。该参数只需要塞提夫align.prot是TRUE。


参数：forceDNAtolower
logical passed to read.fasta for reading  the nucleic acid file.
逻辑传递给read.fasta阅读核酸文件的。


参数：forceAAtolower
logical passed to read.alignment for reading  the aligned protein sequence file.
逻辑传递给read.alignment阅读对齐的蛋白质序列文件。


Details

详细信息----------Details----------

This function an alignment of nucleic protein-coding sequences using as a guide the alignment of the corresponding protein sequences. The file containing the nucleic sequences is given in the compulsory argument 'nucl.file'; this file must be written in the FASTA format.
此功能的取向作为指南使用对准的相应的蛋白质序列的核酸的蛋白质的编码序列。在强制nucl.file“参数”，这个文件必须是书面的FASTA格式的文件，其中包含的核酸序列。

The alignment of the protein sequences can either be provided directly, trough the 'protaln.file' parameter, or reconstructed with ClustalW, if the parameter 'align.prot' is set to TRUE. In the latter case, the pathway of the ClustalW binary must be given in the 'clustal.path' argument.
的蛋白质序列的取向可以被直接提供，槽protaln.file参数，或，重建与CLUSTALW，如果被设置为TRUE的参数align.prot。在后者的情况下，通道的CLUSTALW二进制文件，必须给予在的clustal.path参数。

The protein and nucleic sequences must have the same name in the files nucl.file and protaln.file.
蛋白质和核酸序列必须具有相同的名称中的文件nucl.file和protaln.file。

The reverse-aligned nucleotide sequences are written to the file specified in the compulsory 'out.file' argument. For now, the only output format implemented is FASTA.
反向排列的核苷酸序列被写入到指定的文件中强制out.file“的说法。现在，唯一的输出格式实行的是FASTA。

Warning: the 'align.prot=TRUE' option has only been tested on LINUX operating systems. ClustalW must be installed on your system in order for this to work.  
警告：“align.prot = TRUE选项只在Linux操作系统上进行测试。 CLUSTALW必须安装在您的系统上，为了使这个工作。


值----------Value----------

NULL
NULL


（作者）----------Author(s)----------


A. Necsulea



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

read.alignment, read.fasta, write.fasta
read.alignment，read.fasta，write.fasta


实例----------Examples----------



#[]
# Read example 'bordetella.fasta': a triplet of orthologous genes from[例如“bordetella.fasta：同源基因的三重]
# three bacterial species (Bordetella pertussis, B. parapertussis and[3种细菌（百日咳杆菌，副百日咳杆菌，]
# B. bronchiseptica):[B.支气管）：]
#[]

nucl.file <- system.file('sequences/bordetella.fasta', package = 'seqinr')
triplet <- read.fasta(nucl.file)

# []
# For this example, 'bordetella.pep.aln' contains the aligned protein[对于这个例子，bordetella.pep.aln包含对准的蛋白质]
# sequences, in the Clustal format:[序列，在用Clustal格式：]
#[]

protaln.file <- system.file('sequences/bordetella.pep.aln', package = 'seqinr')
triplet.pep<- read.alignment(protaln.file, format = 'clustal')

#[]
# Call reverse.align for this example:[在这个例子中，呼叫reverse.align：]
#[]

reverse.align(nucl.file = nucl.file, protaln.file = protaln.file,
                     input.format = 'clustal', out.file = 'test.revalign')

#[]
# Simple sanity check against expected result:[简单的例行性检查，对预期的结果：]
#[]

res.new <- read.alignment("test.revalign", format = "fasta")
data(revaligntest)
stopifnot(identical(res.new, revaligntest))

#[]
# Alternatively, we can use ClustalW to align the translated nucleic[另外，我们也可以使用CLUSTALW对准翻译的核酸]
# sequences. Here the ClustalW program is accessible simply by the[序列。在这里，CLUSTALW程序是简单的访问]
# 'clustalw' name.[“clustalw的名称。]
#[]

## Not run: [＃不运行：]
reverse.align(nucl.file = nucl.file, out.file = 'test.revalign.clustal',
  align.prot = TRUE, clustal.path = 'clustalw')
## End(Not run)[＃（不执行）]

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